Раздробленность постепенно сменялась централизацией. Начал складываться аппарат управления. Образование единого Русского (Московского) государства сопровождалось рядом коренных преобразований в системе государственной власти и управления. Серьезные изменения произошли прежде всего в правовом статусе и государственно-политической идеологии московских князей, превращавшихся в связи с созданием единого государства из прежних вотчинников в государей одной из крупнейших в Европе державы. Если прежде великий князь превосходил своих удельных родственников чаще всего только размером своих владений и материальных средств, то теперь он сосредоточивал в своих руках и большинство политических прав. Существенно ограничивается участие удельных князей в общегосударственных делах. С целью предотвращения династической борьбы московские князья начинают активно вмешиваться во владельческие отношения удельных князей, ограничивая их иммунитет.
Боярская Главе государства присваивается титул "великий князь всея Руси" (этот титул был закреплен за Иваном III), а также царя и самодержца, равнозначного по статусу императору и османскому султану.
Вершину сословной пирамиды составлял Государев двор как замкнутая корпоративная сословная организация правящего класса, его верхних слоев, принимавших непосредственное участие в управлении государством, из которой черпались кадры управления высшего уровня. На самом верху этой пирамиды находились думские чины, члены Боярской думы, управлявшей государством вместе с великим князем. В отличие от позднейшего петровского Сената, появившегося в начале XVIII в., Боярская дума являлась не только высшим органом государственной власти и высшим административным учреждением, но и обладала законодательными функциями. Великий князь издавал указы ("приговоры") не один, а вместе с Боярской думой ("приговорил князь великий з бояры").
К думным чинам относились бояре и окольничие.
Боярская дума состояла из 5–12 бояр и не более 12 окольничьих (бояре и окольничьи - два высших чина в государстве). Кроме московских бояр, с середины XV в. в думе заседали и местные князья из присоединенных земель, признавших старшинство Москвы. Боярская дума имела совещательные функции о «делах земли».
В 1497 г. был принят первый новый свод законов единого государства - Судебник Ивана III. Судебник включал 68 статей и отражал усиление роли центральной власти в государственном устройстве и судопроизводстве страны
В основе назначения на думные и другие высшие государственные должности в Московском государстве лежал принцип местничества (производное от словосочетания "считаться местами"), согласно которому основанием для получения должности могли служить знатность происхождения, родовитость ("порода") и служба предков великому князю, а отнюдь не наличие знаний и способностей. Несмотря на явные недостатки (невозможность продвижения на высокие государственные посты людей незнатного происхождения), система местничества являлась в то время важным средством подчинения боярской аристократии центральной власти и не менее важным механизмом сохранения власти в руках боярской аристократии. Одновременно это был единственно возможный в тех условиях способ регулирования отношений внутри правящей элиты,
В то же время уже во второй половине XV в. параллельно с Боярской думой московские великие князья начинают создавать неформальные структуры из приближенных к ним лиц, с которыми и принимают главные государственные решения. Появляются первые придворные звания "введенных бояр" как постоянных советников великого князя.
Во второй половине XV – начале XVI в. в период складывания единого Московского государства сохраняла свое значение дворцово-вотчинная система государственного управления, построенная на чисто территориальном принципе управления. В этот период существовали только два общегосударственных ведомства — Дворец и Казна. Во главе Дворца стоял дворецкий, ведавший княжеским хозяйством и оказывавший большое влияние на решение общегосударственных дел. Ему подчинялись другие дворовые слуги. Они назывались "путными" боярами и ведали различными отраслями хозяйства великого князя — "путями": конюший возглавлял коневодство (путь конюший), ловчий — княжескую охоту (путь ловчий), чашник — бортное хозяйство (путь чашничий) и т.д. Постепенно в ходе дальнейшей централизации пути стали преобразовываться в приказы (Конюшенный приказ, Казенный приказ, Разрядный приказ и др.), что подготавливало замену территориального (дворцового) управления функциональным (приказным).
Ряд важных отраслей государственного управления находился в ведении казначея и возглавляемой им Казны. Казначей был не только хранителем великокняжеской казны и архива, он также ведал государственной печатью, управлял ямскими и поместными делами, руководил вместе с князем внешней политикой.
Во второй половине XV – начале XVI в. в рамках единого Московского государства происходит ликвидация остатков прежней удельной системы, усиливаются централизаторские тенденции. Унифицированная система управления территорией огромного государства еще не могла сложиться. Возникшее в процессе объединения земель новое административно-территориальное деление сохраняло архаичные черты прежнего порядка и отличалось большим разнообразием. Оно основывалось на нескольких критериях: экономическом и демографическом потенциале региона; военном значении территории; историческом наследии (принадлежности региона к определенному княжеству). Создаваемые на местах новые административные единицы — уезды, делившиеся на волости и станы, были чрезвычайно обширны и по своей территории совпадали с территорией бывших удельных княжеств. Присоединяемые в ходе объединения земель вокруг Москвы уделы, вливаясь в состав Великого княжества Московского, сохраняли свою целостность.
Управление этими территориями осуществляли княжеские наместники из бояр и волостели, рекрутируемые из более мелких феодалов. Не получая жалованья от великого князя, они как и прежде вместе со своим аппаратом жили за счет средств, собираемых с подчиненной им территории, "кормились" со своей должности, осуществляя на местах хозяйственно-административную, фискальную и судебную ("губную") деятельность. Их деятельность регламентировалась специальными уставными грамотами, выдаваемыми местному населению. В то же время в новых условиях единого государства наблюдается все усиливающаяся тенденция к ограничению власти наместников, которые постепенно ставятся под контроль княжеской администрации. В этой своей политике центральная власть опиралась на растущую роль в местных сообществах нового слоя землевладельцев — дворянства, из состава которого назначались городовые приказчики (впоследствии, в XVIII в., эта должность трансформировалась в должность городничих, выполнявших полицейские функции в городах). Являясь агентами центральной власти на местах, они со временем сосредоточили в своих руках всю административно-финансовую власть, как в городах, так и в уездах.
