В течение всего века после воцарения династии Романовых предпринимались попытки укрепить государственную систему. В правление Михаила Федоровича ( 1613 - 1645 ) и Алексея Михайловича ( 1645 - 1676 ) окончательно установилась самодержавная власть "государя всея Руси". Усилился и обрел бюрократический характер государственный аппарат. Несмотря на усиление власти царя, Боярская дума оставалась важнейшим органом государства, органом боярской аристократии и разделяла с царем верховную власть. За столетие состав Думы удвоился, особенно возросло число окольничих, думных дворян и дьяков. Боярская дума оставалась верховным органом в вопросах законодательства, управления и суда, более того, царь Михаил Федорович. Алексей Михайлович имел "ближнюю думу" и личную канцелярию ( Тайный приказ), но по основным вопросам советовался с Думой. Члены Думы возглавляли приказы, были воеводами, дипломатами. Дума утверждала решения приказов, была высшей судебной инстанцией. К концу XVII века Дума превращается в своеобразный совещательный орган приказных судей. Увеличивается ее неродовитая часть, а именно число думных дьяков. В начале века было 2 - 3 думных дьяка, во второй половине ( в 1677 году) их число увеличилось до 11 человек. С 60-х годов земские соборы перестали созываться: правительство окрепло и уже не нуждалось в "моральной" поддержке "всей земли".
Сословно - представительная монархия к этому времени себя изжила. Уложение 1649 года по-новому определяло права разных слоев общества, прежде всего дворянства и верхушки посада. Дворянство стремилось на деле осуществить законодательные нормы Уложения и обеспечить "крепость" крестьян владельцам, подавить их сопротивление. Старый государственный аппарат не мог в полной мере обеспечить выполнение этих задач. Это потребовало изменения формы правления путем усиления абсолютистских начал и перестройки организации армии.
Система приказов сохранилась. Основное ядро их осталось прежним. Но были созданы новые территориальные приказы для управления освобожденными русскими землями. С новыми условиями страны связано создание Монастырского приказа, ведавшего монастырскими землями и судебными делами населения духовных вотчин, Рейтарского приказа, созданного для организации и управления войсками нового строя. Особое место занимал функционировавший в 1654-1675 годах приказ Тайных дел. Основная часть дел этого приказа была связана с управлением дворцовым хозяйством. Для этого времени характерно развитие дворцовых учреждений. В 1664 году, например, выделился Судный дворцовый приказ.
Во второй половине XVII века широкое распространение получили временные учреждения - комиссии.Комиссии создавались по специальному указу, который определял их количественный состав, направление деятельности, назначал руководителей.
Всего к 1698 году в России насчитывалось 26 приказов общегосударственной компетенции (постоянных), 1 - временный, 6 - дворцовых, 3 - патриарших и 19 других высших городских и дворцовых учреждений. Во главе приказа стоял начальник - судья, в основном из членов Боярской думы. С 60-х годов приказы превращаются в крупные учреждения с большим штатом и разветвленной структурой. Почти исчезают приказы с 1-3 подьячими. Средним становится приказ со штатом 20-40 человек. Большие приказы (Поместный, Разрядный, Казанского дворца) делились на столы. Разделение происходило в основном по территориальному принципу.
К концу XVII века (после возвращения Киевской митрополии по юрисдикцию Московской патриархии) на территории России находились 24 кафедры - одна патриаршая, 14 митрополичьих, 7 архиепископских и 2 епископских.Высшее управление Русской Православной Церкви представлял патриарх в единении с собором высших церковных иерархов. ). Освященные (церковные) соборы при патриархах созывались реже, чем при московских митрополитах. . В работе соборов принимали участие цари, будь то выборы патриарха или назначение других церковных иерархов, канонизация святых, церковный суд, богословские диспуты и др.
