Диаграмма способствует определению главных факторов, оказывающих наиболее значительное влияние на развитие рассматриваемой проблемы, а также предупреждению или устранению действия данных факторов.

Проблема обозначается основной стрелкой. Факторы, которые усугубляют проблему, отражают стрелками, покосившимися к основной вправо, а те, которые нейтрализуют проблему — с наклоном влево. При углублении уровня анализа к стрелкам факторов могут быть добавлены стрелки влияющих на них факторов второго порядка и т. д. На рисунке отражен такой пример с двумя уровнями костей: красным цветом обозначены 1-й уровень — главные (коренные): a, b, c, d, а синим 2-й уровень — углублённые (детализирующие) причины (факторы) исследуемого влияния на результат (среди факторов 2-го уровня являются, как те, которые усиливают действие 1-го уровня — e, f, g, h, i, l, m, o, p, так и те, что её ослабляют — k, n).

Ключевая задача заключается в том, чтобы иметь от трёх до шести основных категорий, которые охватывают все возможные влияния. Фактически максимальная глубина такого дерева достигает четырёх или пяти уровней. Когда такая создаваемая диаграмма является полной, она воспроизводит достаточно полную картину всех возможных основных причин определённой проблемы.

Работа с диаграммой Исикавы проводится в несколько этапов:

Выявление и сбор всех факторов и причин, каким-либо образом влияющих на исследуемый результат.

Группировка факторов по смысловым и причинно-следственным блокам.

Ранжирование этих факторов внутри каждого блока.

Анализ полученной картины.

«Освобождение» факторов, на которые мы не можем влиять.

Игнорирование малозначимых и непринципиальных факторов.