КласифікаціяВираз "голонасінні", вперше використане ботаніком Бекетовим, вказує на головну відмінну рису цих рослин, a саме на те, що сім'ябруньки, а потім і сталися з них насіння не мають замкнутого вмістища, як це помічається у всіх покритонасінних. Зав'язь тут має вигляд простий луски, на якій сидить одна або кілька семяпочек; іноді ж і ця луска не розвивається.
Був час, коли голонасінні виділяли в спеціальний клас Gymnospermae, спочатку в рамках насінних рослин (відділ Spermatophyta, 1882 - 1952), пізніше - у складі судинних рослин (відділ Tracheophyta, 1950 - 1981). По суті цей клас включає хвойні та подібні їм дерева, в тому числі кілька груп вимерлих рослин, відомих тільки по викопних останків.
Незважаючи на те, що голонасінні рослини явним чином відмінні від інших класів вищих рослин (тобто папоротей і квіткових), викопні останки служать доказом того, що покритонасінні походять від голонасінних предків, що робить таксон голонасінних парафілетічним. Сучасна кладістіканамагається визначити такі таксони, які були б монофілетічнимі, з простежується прив'язкою до загального предка і включають всіх нащадків цього загального предка.
В той же час термін "голонасінні" як і раніше використовується для відділення чотирьох сучасних відділів нецветкових насіннєвих рослин від відділупокритонасінних; види рослин, що відносяться до голонасінних, розподілені між наступними групами одного рівня - відділами:
- Відділ Гинкговиє ( Ginkgophyta )
- Відділ Гнетоподібні ( Gnetophyta )
- Відділ Саговникові ( Cycadophyta )
- Відділ Хвойні ( Pinophyta )
- Відділ беннетитові ( Bennettitales )
