У «великій дидактиці» Коменський не тільки розробив чітку систему навчання і виховання, але й розкрив суть основних її принципів, таких як: наочність, свідомість і активність, послідовність і систематичність знань, міцне оволодіння знаннями і навичками. Природно, що керуючись відчуттями, як основою пізнання, вчений основним у навчанні визначив наочність.
Коменський детально вивчив досвід навчання з урочної системи, а також дав теоретичне обґрунтування класно-урочної системи шкільного навчання і сформулював її основоположні принципи. Тому в історії педагогічної думки він вважається творцем класно-урочної системи навчання.
У школах тоді прийом учнів відбувався в різний час, протягом усього року. Учні хоч і сиділи разом у класі, але колективних занять зі всіма учнями більшою частиною не було: кожен учень вчив своє. Коменський гостро критикував існуючий в той час індивідуальний метод як єдину форму навчання в школі. Він вважав катастрофічним для дітей становище, коли навчання в школі продовжувалось «із сходу сонця і до заходу». В роботі «Закони добре організованої школи» він визначив основні правила організації навчання, які не втратили свого значення до нашого часу. Коменський вказував, що кожен урок повинен мати свою певну тему і своє головне завдання. Вчитель повинен уважно слідкувати, щоб всі учні приймали активну участь в заняттях, і підтримували на уроці дисципліну в класі.
Загалом, в організації навчання у Коменського досить чітко простежується принцип демократизму спільного навчання хлопчиків та дівчаток (школа рідної мови , бідних і багатих. Йому також належить виділення у навчальному році чвертей, а також уроку, як основної навчальної форми.)
Коменський встановив поняття шкільного року з його діленням на навчальні чверті, увів канікули, визначив організацію навчального дня (4 навчальні години в школі рідної мови та 6 години в латинській школі).
