В течении XV и XVI вв. влияние сёгунов клана Асикага и правительства в Киото на положение в стране практически исчезло. Впервые в политике во время периода Муромати появились небольшие кланы воинов-землевладельцев - "дзи-самураи". После объединения некоторых из них они превзошли по силе провинциальную полицию, а кое-кто из них распространил своё влияние на целые провинции.Этих новых феодалов называли "даймё". Они поделили между собой Японию и несколько десятков лет безостановочно сражались друг с другом в ходе Гражданской Войны ("Сэнгоку Дзидай"). Отличительными признаками периода являются: потеря сёгуном (центральной властью в его лице) политического влияния и авторитета в среде политически дееспособных буси, возникновение раздробленности (региональной автономии), и, как результат — продолжительная «война всех против всех» разной степени интенсивности, величины и конфигурации территориального охвата. Более крупные и могущественные самурайские кланы (букэ) стремились увеличить своё могущество и влияние за счёт поглощения более мелких и присоединения к своим владениям земель соседей. В результате сильные кланы становились ещё сильнее, а слабые — теряли силы и гибли, зачастую в полном составе. Многие даймё того времени добились своего высокого статуса путём успешных боевых действий, коварных интриг, предательств и удачных заговоров против своего сюзерена и его семьи. Теми же методами они добивались могущества своих кланов (букэ). Таких князей называли «сэнгоку даймё» («воинственные князья»). Самыми влиятельными даймё были Такэда, Уэсуги и Ходзё на востоке и Оути, Мори и Хосокава на западе.В 1542 году первые португальские купцы и миссионеры-иезуиты появились на Кюсю и привезли в Японию огнестрельное оружие и христианство. Иезуит Франциск Ксавье приехал в Киото с миссией в 1549-1550 годах. Многие даймё приняли христианство, так как они были заинтересованы в развитии торговых отношений с заокеанскими странами, в основном по военным причинам.
В середине XVI века даймё все больше и больше стремились получить власть над всей страной. Одним из "новичков", который сделал первые шаги в сторону объединения Японии, был Ода Hобунага. Он вошел в Киото в 1568 году и в 1573 году сверг сёгунат Муромати. В 1559 Ода Hобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Hагоя). Как и многие другие даймё, он был заинтересован в объединении Японии. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу. После того, как он устроился в Киото, Hобунага продолжал уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддистские секты, особенно секта Икко, которая, фактически, правила несколькими провинциями. В 1571 г. Hобунага полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года. Hобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли до того момента, когда они смогли бы реально противостоять Hобунаге. После смерти Такэды Сингэна Hобунага победил клан Такэда в битве при Hагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие.
