1334 и 1335 г. г. известны в японской истории под названием «периода монархической реставрации Кэмму»,образование на короткий срок монархически абсолютной власти. Император Го-Дайго смог восстановить своё влияние на империю и сверг сёгунат Камакура в 1333 году. Hо возрождённые во время Реставрации Кэмму старые имперские министерства долго не просуществовали из-за устаревшего государственного аппарата, и некомпетентные министры не нашли поддержки в лице могущественных землевладельцев. Асикага Такаудзи, ранее сражавшийся вместе с императором, восстал против Двора и завоевал Киото в 1336 году. Го-Дайго сбежал на юг в Ёсино и основал там Южный Двор. В 1338 году Такаудзи сам назначил себя сёгуном и основал в Киото новое правительство. Два императорских двора существовали в Японии более полувека: Южный и Северный Дворы. Они вели бесконечные войны друг против друга. Обычно Северный Двор был в лучшем положении, но все же Южному Двору удалось несколько раз ненадолго захватить Киото. Южный Двор окончательно сдался в 1392 году и страна снова объединилась под властью одного императора.
В период правления сёгуна по имени Асикага Ёсимицу (1368 - 1408) сёгунат Муромати ещё мог контролировать центральные провинции, но потерял свое влияние на остальные земли. Ёсимицу установил хорошие торговые связи с Китаем. Несмотря на непрекращающиеся войны и мятежи, эти времена характеризуются процветанием внешней и внутренней торговли, а также подъемом сельского хозяйства, промышленности, и инженерного дела.
После смерти Ёсимицу сёгунат начал постепенно терять контроль над регионами. Реальную власть в стране захватили сёгунские советники и военные губернаторы из провинций. В 1467 году из-за противостояния советников Хосокава и Яманы о назначении следующего председателя сёгуната вспыхнула война, получившая названиесмуты Онин. Она дала начало длительным междоусобицам самурайства в столице и регионах, так называемому периоду Сэнгоку, «Эпохе воюющих провинций» (1467—1615). Сёгун окончательно утратил свою роль всеяпонского лидера и гаранта стабильности.
С начала 16 века новыми властителями в регионах постепенно стали председатели местных самурайских родов, которые сбросили своих вчерашних хозяев — военных губернаторов. Эти главы, которые назывались даймё, порвали с центральной властью и начали формирование собственных родовых «государств». Они конфисковывали частные и государственные земли в свою пользу, переставали перечислять налоги в столицу и организовывали крупные родовые армии из местной знати. Резиденции обладателей находились в горных замках, у подножия которых закладывались призамковые торгово-ремесленные города. В ряде таких родовых «государств» были установлены оригинальные удельные законы, которые выполняли функции земельного и уголовного кодексов.
