1. 1991-1993 гг. – создание новой бюджетной системы страны, формирование основ межбюджетных отношений.
2. 1994-1998 гг. – снижение роли государственного регулирования экономики, преодоления кризиса межбюджетных отношений.
3. 1999-2001 гг. – расширение налоговых полномочий.
За этот период были сформулированы единые принципы формирования межбюджетных отношений, определены формы финансовой помощи регионам и сформулированы системообразующие элементы межбюджетных отношений.
4. 2002-2005 гг. – упорядочение бюджетного устройства РФ, четкое разграничение расходных полномочий, четкое и стабильное разграничение налоговых полномочий и закрепление доходных источников, формирование и развитие объективных и прозрачных механизмов финансовой поддержки региональных и местных бюджетов. Была принята программа развития бюджетного федерализма в Российской Федерации на период до 2005 года.
5. 2006-2008 гг. – укрепление финансовой самостоятельности субъектов РФ, создание стимулов для увеличения поступлений доходов, улучшения качества управления государственными и муниципальными финансами, повышение прозрачности региональных и местных финансов.
6. 2009-2013 гг. – создание стимулов повышения качества управления бюджетным процессом в субъектах РФ и муниципальных образованиях, корректировка механизмов оказания финансовой помощи органам власти, совершенствование системы и разграничения расходных обязательств, дальнейшее развитие стимулов к увеличению доходов бюджетов субъектов РФ и муниципальных образований.