Соборное Уложение 1649 г. содержало многочисленные нормы Особенной части уголовного права. На первое место законодатель поставил преступления против религии. Впервые в истории российского законодательства им посвящалась специальная глава.
На втором месте стояли государственные преступления (государственная измена, посягательство на жизнь и здоровье царя, самозванство и др.).
К тяжким деяниям относились особо опасные преступления против порядка управления (нарушение порядка на царском дворе, фальшивомонетничество, подделка царских печатей и др.). В законе имелись подробные описания различных составов преступлений -воинских, имущественных, против личности.
Хотя право в целом в Соборном Уложении 1649 г. было разработано на более высоком уровне, чем в предшествующих документах российского законодательства, все же в нем специально не выделялось общая часть уголовного права, основное внимание сосредотачивалось на описании конкретных составов преступлений. Нормы общей части уголовного права имелись в Соборном Уложении лишь в виде разрозненных статей.
Ярко выраженной целью наказания в Соборном Уложении являлось устрашение. Предусматривалось широкое применение смертной казни. Простыми видами смертной казни считались отрубание головы, повешение, утопление.
Значительное место в системе наказаний занимала квалифицированная смертная казнь. Одной из самых тяжких мер наказания являлось закапывание живьем в землю. Применялось такое наказание к жене, совершившей умышленное убийство мужа. К квалифицированным видам смертной казни относились также сожжение, залитие горла расплавленным оловом или свинцом, четвертование, колесование.
Широко применялись членовредительные и болезненные наказания – отрезали нос, ухо, руку; били кнутом и палками. Уголовное законодательство знало уже такие меры наказания, как тюрьма и ссылка. Штраф, который ранее применялся часто, занимал уже незначительное место среди наказаний.