Образование, формирование, деятельность законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации, их полномочия и ответственность, порядок взаимодействия между собой и с федеральными органами государственной власти основываются на Конституции РФ и регулируются федеральными конституционными законами, указанным Федеральным законом, иными федеральными законами, конституциями (уставами), законами и иными нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации.

В систему органов государственной власти субъекта РФ входят: законодательный (представительный) орган, высший исполнительный орган и иные органы государственной власти субъекта РФ, которые образуются в соответствии с конституцией (уставом) данного субъекта РФ. Кроме того, устанавливается должность высшего должностного лица субъекта РФ (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ).

Закон от 6 октября 1999 г. № 184–ФЗ определяет структуру и способы формирования законодательного органа государственной власти. Депутаты законодательного органа государственной власти субъекта РФ избираются гражданами России, проживающими на территории субъекта РФ и обладающими активным избирательным правом. Депутатом может быть избран гражданин России, обладающий в соответствии с федеральным законодательством, конституцией (уставом) и (или) законом субъекта РФ пассивным избирательным правом. Выборы проводятся на основе всеобщего, равного и прямого избирательного права при тайном голосовании. Статус депутата, срок его полномочий, порядок подготовки и проведения выборов регулируются федеральным законодательством, конституцией (уставом) и законами субъекта РФ.

Число депутатов законодательного органа государственной власти субъекта РФ устанавливается конституцией (уставом) субъекта РФ. Численный состав депутатских мандатов колеблется от 11 в Таймырском автономном округе до 194 депутатов в Республике Башкортостан. Срок полномочий депутатов законодательного органа устанавливается конституцией (уставом) субъекта РФ, но не может превышать пяти лет. Число депутатов, работающих на профессиональной постоянной основе, устанавливается законом субъекта РФ.

В субъекте РФ устанавливается система органов исполнительной власти во главе с руководителем высшего исполнительного органа государственной власти. Структура исполнительных органов государственной власти субъекта РФ определяется высшим должностным лицом субъекта РФ.

Основной особенностью организации исполнительных органов государственной власти субъектов РФ является двухуровневая система правового регулирования, обусловленная следующими факторами: во–первых, разграничением предметов ведения и полномочий между Российской Федерацией и ее субъектами; во–вторых, необходимостью обеспечения единства системы органов исполнительной власти. С одной стороны, субъекты РФ самостоятельно формируют систему органов исполнительной власти на своей территории. С другой, федеральные органы исполнительной власти и органы власти субъектов РФ образуют единую систему органов исполнительной власти в Российской Федерации. В результате на территории каждого субъекта Федерации взаимодействуют различные системы органов исполнительной власти: федеральные органы власти; органы исполнительной власти данного субъекта РФ, а также муниципальные органы местного самоуправления. Следует отметить, что пока слабо разработан механизм оптимального взаимодействия исполнительных органов власти всех уровней.