Лейбниц выступил против декартовского дуализма материи и духа, отстаивая первенство второго над первой. По учению Лейбница, материя в своей сущности, в последних элементах, из которых она сложена, неотличима от духа. Главная же особенность духа состоит в том, что он есть деятельная живая сила. Декарт, как известно, считал главным отличительным признаком материи протяжение. Однако, по философии Лейбница, протяженность предмета означает, в первую очередь то, что он занимая определённую область пространства, вытесняет всё врывающееся в его границы. Воспринимать протяжение материального тела – значит, воспринимать его сопротивление тому, что пытается в него проникнуть. Сопротивление же неизбежно предполагает наличие силы, деятельности, стремления. Таким образом, Лейбниц считает, что саму идею материальности и протяжения мы познаём лишь благодаря идее силы.
Многообразие мира и постоянное взаимодействие в нём различных сред нельзя объяснить без существования мельчайших единиц бытия – тех, что в Древней Греции именовали атомами. Но так как материя – производная разновидность силы и энергии, то и атомы, согласно философии Лейбница, должны являться не материальными, а духовными объектами. Они не частицы вещества, а сгустки энергии и силы, а так как действующая сила в любом случае предполагает наличие воли, то «энергетические атомы» неизбежно должны обладать зачатками сознания и личности. Эти «истинные атомы природы» Лейбниц именует «монадами». Название «монада» происходит от латинского слова «единство». Одни из них развиты выше, другие ниже. Низшие лежат в основе низших, а высшие – высших явлений действительного, телесного и духовного, мира. Человеческое тело есть собрание монад, которые к монадам души относятся как низшие к высшим. Монады первого рода (темные) суть дремлющие души (камни, растения, животные) и занимают низшее положение. Монада самого последнего рода (абсолютно ясно сознающая) есть наивысшая, божественная душа.
Монады неделимы. «Единого духа» не существует, действительным существованием владеют лишь индивидуумы. Подтверждение того, что протяженной материи, как таковой, не существует, Лейбниц видел в открытии, при помощи микроскопа, инфузорий в водяных каплях: там, где, казалось, существует лишь безжизненная протяженная материя, на самом деле обнаружились бесчисленные живые существа.
Деятельность монады, как деятельной силы, не может перейти на другую монаду, но ограничивается внутренностью самой монады. Что совершается в нематериальном существе, может быть только нематериальным. Лишь духовные существа и их духовные состояния образуют действительный мир, который есть основа нашего чувственного мира.
Введённый именно им термин «Теодицея» (буквально – «Богооправдание») с тех пор стал обозначать те разделы философии и богословия, которые доказывают, что неоспоримое существование зла в мире ничуть не противоречит мысли об управлении Вселенной благим Богом. Известное зло неотделимо от понятия творения; всему сотворенному, как таковому, принадлежит несовершенство. Другое же зло Бог допустил потому, что только через него достижимы некоторые высшие блага
