Єлизавету і Марію занадто часто протиставляли один одному: з легкої руки Фрідріха Шиллера Марія представляється безневинною жертвою, а Єлизавета - кривавим деспотом. У реальності все було не так однозначно.
Єлизавета була цілком законною королевою Англії, проте Марія Стюарт до кінця своїх днів була впевнена у своїх правах на англійську корону, будучи правнучкою Генріха VII. Оточення вселяло Марії Стюарт, що у неї набагато більше прав, ніж у «бастардесси» Єлизавети. Марія була не єдиною претенденткою на трон. Серед інших кандидатур були молодші дочки леді Френсіс Грей, Катерина і Марія, згадані і в Акті про престолонаслідування 1543, і в заповіті Генріха VIII. Марії Стюарт в заповіті короля не значалося зовсім. З іншого боку, багато католики в Англії й за її межами вважали законною (або, у всякому разі, більш бажаною) володаркою саме її - на противагу «єретичкі» Єлизаветі. Сама Марія всіляко підкреслювала свій пріоритет і не відмовилася від своїх домагань, навіть перебуваючи під слідством.
Повалення законної королеви викликало невдоволення частини шотландських лордів. Союз «конфедератів» швидко розпався, встановлення регентства Морея викликало перехід в опозицію Гамильтонов, графів Аргайла і Хантлі. 2 травня 1568 Марія Стюарт бігла із замку Лохлевен. До неї негайно приєдналися опозиційні Морею барони. Однак невелика армія королеви 13 травня була розбита військами регента в битві при Лангсайде, і Марія бігла до Англії, де звернулася за підтримкою до королеви Єлизавети I. Спочатку Єлизавета I пообіцяла допомогу Марії, проте вона була далека від ідеї військової інтервенції на користь своєї конкурентки за англійський престол. Єлизавета взяла на себе функції арбітра в суперечці між Марією Стюарт. Справа Марії Стюарт ще не було остаточно програно. Після вбивства Морея в січні 1570 в Шотландії спалахнула громадянська війна між прихильниками королеви (Аргайл, Хантлі, Гамільтон, Мейтланд) і партією короля (Леннокс і Мортон). Лише завдяки втручанню Єлизавети I 23 лютого 1573 сторони підписали «Пертського примирення», відповідно до якого королем Шотландії зізнавався Яків VI.
