Царський указ про утворення Малоросійської колегії тяжко вразив Івана Скоропадського. В Україну гетьман повернувся з Москви (де був присутній на урочистостях з приводу перемоги в Північній війні) вкрай хворим. Відчуваючи близьку смерть, він доручив гетьманські обов'язки чернігівському полковнику Павлові Полуботку, який заступав його й на час поїздки до Москви.
Павло Полуботок розгорнув активну діяльність, спрямовану на відновлення козацьких порядків. Наказний гетьман здійснив реформу суду з метою обмежити повноваження Малоросійської колегії. Він зробив Генеральний суд колегіальним, рішуче боровся проти хабарництва й тяганини у провінційних судах, установив порядок апеляцій. У грудні 1722 р. Полуботок видав розпорядження, за яким скарги населення розглядалися від нижчої до вищої інстанції українського уряду, а не подавалися безпосередньо Малоросійській колегії.
Однак, попри енергійні заходи Полуботка й старшини, Петро І у квітні 1723 р. надав Малоросійській колегії такі повноваження, які робили її повновладною в Україні. Український уряд із його Генеральною військовою канцелярією підпорядковувався Малоросійській колегії. Численні клопотання (петиції), що містили основну українську вимогу — обрання нового гетьмана, цар відхилив. До того ж новим указом у квітні 1723 р. він позбавив гетьмана влади командувача козацького війська, передавши її генералу Голіцину, який очолював російське військо в Україні.
Активна протидія заходам Малоросійської колегії не залишилася непоміченою російським урядом. 22 травня 1723 р. Полуботка разом із генеральним писарем і генеральним суддею було викликано до Петербурга. Проте наказний гетьман зволікав із від'їздом, готуючи нові документи з проханням про відновлення державних прав України. Складали дві чолобитні: одну мали підписати генеральна старшина й полковники, другу — полкова старшина й сотники. У червні Павло Полуботок вирушив на північ і 3 серпня дістався Петербурга.
Після від'їзду наказного гетьмана автономістський рух в Україні очолив миргородський полковник Данило Апостол. Він, зокрема, домігся укладення Коломацьких чолобитних — статей, підписаних у середині серпня — на початку вересня 1723 р. на р. Коломак, що на Полтавщині, представниками козацької старшини. У них, як і в попередніх статтях, старшина скаржилася на зубожіння козаків і посполитих через військові повинності, неврожаї та обтяжливі збори Малоросійської колегії. Статті вкотре порушували питання про звільнення маєтків старшини від оподаткування. Йшлося також про хиби в судочинстві, що їх козацький уряд у змозі виправити без стороннього втручання. Насамкінець старшина просила дозволу обрати гетьмана.
Підписані Коломацькі чолобитні Данило Апостол подав до Генеральної військової канцелярії. Урядовці, посвячені в плани Павла Полуботка, вирішили терміново надіслати до російської столиці посольство, з яким передати статті. Проте козацьких посланців затримала Малоросійська колегія. Тоді до Петербурга було таємно відправлено військового канцеляриста Івана Романовича. Недільного ранку 10 листопада 1723 р. посланець Генеральної військової канцелярії передав Коломацькі чолобитні особисто імператорові Петру І.
Після подання «чолобитних» за наказом Петра І було заарештовано найактивніших її авторів. Понад рік тривали допити української старшини в Петербурзі. Невдовзі їхню справу було передано на розгляд Вищого суду. Одначе судовий процес так і не відбувся, бо 18 грудня 1724 р. в Петропавловському казематі помер головний звинувачуваний — наказний гетьман Павло Полуботок.
Відновлення гетьманства. Боротьба козацької старшини за дозвіл обирати гетьмана виявилася безрезультатною: після смерті гетьмана Івана Скоропадського та наказного гетьмана Павла Полуботка вибори гетьмана не відбувалися. Україною правила Малоросійська колегія. Щоправда, спостерігалося деяке пом'якшення політики царату щодо України. Пов'язане воно було зі смертю Петра І в січні 1725 р. У лютому 1725 р. імператриця Катерина І звільнила з-під варти тих українських старшин, яких було ув'язнено разом із Полуботком.
