Хвиля репресій, розгром Батурина були першою реакцією Петра І на перехід І. Мазепи до шведів. Після цього кроку гетьмана російський цар вирішив остаточно «прибрати Україну до рук». Намагаючись створити сприятливі соціальні умови для реалізації свого задуму, він спочатку видає універсал, у якому обіцяє українському народові всілякі милості та свободи, наказує обрати нового гетьмана. У цей час Петро І потураннями та подачками задобрює старшину, надсилає подарунки та гроші на Запорожжя. Справжня ж суть імперської політики гранично чітко висловлена в листі князя Голіцина до канцлера Головкіна: «Задля нашої безпеки в Україні треба насамперед посіяти незгоду між полковниками і гетьманом. Не треба виконувати прохань гетьмана. Коли народ побачить, що гетьман уже не має такої влади, як Мазепа, то, сподіваюсь, буде приходити з доносами».
У 1708 р. під тиском царя гетьманом було обрано літнього І. Скоропадського (1708—1722). Кандидатуру енергійного та молодого П. Полуботка Петро І відкинув, вважаючи, що з нього «може вийти другий Мазепа». І. Скоропадський звернувся до царя з проханням підтвердити традиційні права та вольності, до яких додав ще декілька пунктів (щоб козаками командували не московські офіцери, а власна старшина; щоб повернули гармати, вивезені з Батурина та ін.). Резюме Петра І було коротким і однозначним: «Українці й так мають з ласки царя стільки вольностей, як жоден народ у світі». Після цього розпочинається форсований наступ на українську автономію. Характерними рисами цього процесу були: обмеження влади гетьмана та контроль за нею (гетьманську резиденцію перенесли з Батурина до Глухова, ближче до російського кордону, біля особи гетьмана перебував російський резидент-наглядач); економічні утиски (значну частину українських товарів — прядиво, шкіру, сало, олію та ін. — дозволялося вивозити лише до російських портів, водночас певні товари заборонялося ввозити до України, їх змушували купувати на російських фабриках); експлуатація демографічного потенціалу (1721 р. на будівництво Ладозького каналу було направлено 10 тис. козаків, 30% з них загинуло; 1725 р. під час Дербентського походу з 6790 козаків померло чи загинуло 5183 осіб); культурні обмеження (1720 р. сенатським указом проголошувалося: в Україні «книг ніяких, окрім церковних давніх видань, не друкувати», а у тих, які друкуються, «щоб ніякої різниці і осібного наріччя не було»). Крім того, росіяни вперше отримали в Україні великі землеволодіння, що призвело до появи значних непідконтрольних гетьману територій, на яких їхні власники старанно прищеплювали вивезене з Росії кріпацтво. Цей етап мав свої особливості: пасивна протидія офіційній російській політиці з боку І. Скоропадського, створення 1722 р. Малоросійської колегії, яка, приймаючи від населення скарги на українські суди, контролюючи фінанси, стежачи за стосунками старшини та козацтва, не лише звужувала владні повноваження гетьмана, а й обмежувала українську автономію, була дієвим дестабілізуючим чинником, що дедалі глибше вбивав клин між українською елітою та народом.
