Особливим політичним організмом, який підпорядковувався українському гетьману, було Запорожжя. В 1686р., за російсько-польською угодою Запорозька Січ перейшла з-під подвійного підпорядкування Варшаві та Москві під виключну зверхність останньої. І якщо попередній невизначений статус був козакам на руку, дозволяючи їм лавірувати між двома державами, то відтепер несанкціонована співпраця з Річчю Посполитою ставала незаконною. З цього часу Запорожжя за тодішнім формулюванням знаходилося під царською владою та гетьманським регіментом. Не могло Низове Військо контактувати й з південними сусідами через початок російсько-турецької війни. Однак право на самостійні політичні зв’язки з іноземними державами було цілком природним у розумінні запорожців. Питанням великої ваги було те, наскільки Мазепа зможе впливати на Січ, наскільки, врешті, вдасться йому просунутися на шляху до підпорядкування Запорожжя гетьманській владі, що не могло відбутися відразу, а переросло в тривалий та наповнений конфліктами процес.Гетьману довелося прикласти чимало зусиль для боротьби з такими діями Січі, які суперечили політиці Батурина. В листопаді 1689р. козаки відправили посольство до польського короля з клопотанням про підданство. Надалі низові козаки продовжували практику служби за винагороду Речі Посполитій. А на початку XVIII ст. запорожці вчинили цілу низку дій, які викликали різко негативну реакцію як у Батурині, так і в Москві. Так, були розгромлені селітряні майдани на Самарі, які належали власникам з Гетьманщини, звучали погрози знищення російських фортець на Запорожжі, значний міжнародний резонанс викликало пограбування підданих Порті грецьких купців, які наважилися їхати зі своїми товарами через запорозьку територію. В 1703р. запорожці відмовилися присягати на вірність Петру І, через існування на їхній території російських фортець. З 1702 по 1705 рр. нагальною була проблема розмежування на місцевості володінь між Турецькою та Російською державами, чому чинили перешкоди як запорожці, так і татари. В 1707—1708 рр. певна кількість запорожців взяла участь у повстанні на чолі з Кіндратом Булавіним.Але чи найбільша криза виникла наприкінці 1702 — на початку 1703 рр., коли запорожці готували спільний виступ з татарами проти Росії, що мало призвести до початку нової війни з Османською імперією. Гетьман готувався до збройного протистояння, допускалася й можливість переходу запорожців під владу турецького султана. Та не дивлячись на всі труднощі, Мазепі вдалося значно просунутися в справі поширення свого впливу на Запорозьку Січ. Для цього використовувалися самі різні заходи. Необхідно мати на увазі, що велику роль в цій справі зіграли й споруджені в ході Кримських походів та на початку XVIII ст. на території Запорожжя очолювані російськими воєводами Новобогородицька, Новосергієвська та Кам’яно-Затонська фортеці. Крім широко декларованої функції опорних пунктів у боротьбі з Османською імперією, вони були призначені й для контролю над Запорозькою Січчю. І треба відзначити, що гетьман був прибічником існування на запорозькій території таких осередків.За гетьманування Мазепи чітко виконувалося правило, що він є посередником у взаєминах Січі з Москвою. Всі запорозькі листи, як і листи з Москви, йшли через гетьмана. Більше того, часто саме він приймав рішення чи відправляти ті чи інші документи, навіть такі важливі, як царські грамоти на Січ, чи затримати їх до слушного часу.. Отже Москву влаштовував заведений порядок і вона, в цілому, була задоволена тим, як Мазепа вирішує питання взаємин із запорожцями.Січ значно залежала від позиції Батурина в економічних питаннях, що дозволяло впливати і на її політичну позицію. Так, від гетьмана залежало своєчасне постачання борошна, певна кількість якого вже традиційно щорічно відправлялася з Гетьманщини на Січ, та грошей, які йшли з коштів, зібраних з перевозу через Дніпро у містечку Переволочній. Додаткові надання давали змогу вплинути на активність Низового Війська при проведенні воєнних дій проти Османської імперії. Гроші надсилалися до запорожців з метою залучення їх до участі у великих російсько-українських походах на Крим чи до самостійних бойових операцій. За сприянням гетьмана в часи активних бойових дій до запорожців надходили необхідні матеріали для будівництва чи ремонту плавальних засобів, готові човни, справні гармати в обмін на пошкоджені, боєприпаси, кошти на озброєння та охорону запорозьких кордонів. До Запорожжя протягом певного часу, за допомогою військових сил, не пропускалися торгові ватаги з українських міст та затримувалася щорічна платня. Найчастіше такі дії практикувалися в тих випадках, коли гетьман хотів змусити низових козаків розірвати перемир’я з південними сусідами.Іноді Мазепа вдавався до використання сили, в тих випадках, коли потрібно було зупинити взаємини Січі з Річчю Посполитою, чи зупинити переходи українців через територію Запорожжя на Правобережжя.
