З кінця XVII- початку XVIII ст. прапор національно-визвольної боротьби високо піднесли козацькі полковники С.Палій, С.Самусь, З.Іскра, А.Абазин та ін. Під їх керівництвом на Правобережжі відродилися козацькі вольності, але у 1699 р. поляки вирішили остаточно скасувати козаччину. Восени 1700 р. польські загони розпочали наступ на Поділля й Київщину, захопили Немирів, Вар, Вінницю, Брацлав, однак не могли здобути Фастова.Пізніше саме у Фастові було прийнято рішення про всенародне повстання проти польської влади.Весною і влітку 1702 р. повстання охопило Київщину, значну частину Брацлавщини й Поділля, розпочалися виступи на Волині й Галичині. На Закарпатті у 1703р. теж розпочався визвольний рух проти угорських феодалів.Протягом 1703-1704 рр. повстання було придушене. У ході каральних акцій поляки стратили бл. 10 тис. чоловік.Фактичний бік відносин між Гетьманом і фастівським полковником більш-менш докладно встановлений у працях В. Антоновича, М. Костомарова, В. Вовк-Карачевського, М. Андрусяка, Б. Крупницького, Н. Полонської-Василенко та інших. Щоправда, не всі ще документальні матеріали в цій справі (зокрема, листування Мазепи з московським урядом) повністю опубліковано. Проблема Правобережжя водночас єднала й роз’єднувала гетьмана Лівобережної України й білоцерківського шляхтича Івана Мазепу та борзенського козака й білоцерківського полковника Семена Палія. Палій не мав такого глибокого коріння на Правобережжі, як Мазепа. Але Вона стала його землею, і він, тільки він, як "справжній козак і вождь козацького народу", мав порядкувати тут. Він міг пактувати з польським урядом або з польськими магнатами, хоч знав, що тривалої згоди з ними не буде. Мазепа був репрезентантом старої правобережної старшини доби Хмельницького і Дорошенка. Та інтереси Мазепи й Палія колідували не тільки на Правобережжі. Їх розділяло ще Запоріжжя, що його підпорядкування гетьманському реґіментові, а принаймні консолідації гетьманської й запорозької політики завжди прагнув Мазепа. Палій користувався на Січі великою популярністю, мало того, був своєю людиною для запорожців. І його бойові подвиги, колись близько зв’язані з Запоріжжям, і його діяльність на Правобережжі, а зокрема боротьба проти польської шляхти, - все це в очах січовиків було повною протилежністю Мазепі. Перший крок у цьому напрямкові зробив, мабуть, Мазепа. Незважаючи на свої приятельські відносини з Палієм, Гетьман завжди ставився до нього з певним упередженням і не раз перестерігав Москву щодо Палія. Але справді критичним моментом було повстання 1702-1703 рр. і позиція Палія, як лідера того повстання, зокрема щодо Польщі. У звідомленнях Гетьмана до Москви 1703-1704 рр. рясно політичних і персональних закидів та обвинувачень на адресу Палія. Особливо турбували Мазепу зв’язки Палія зі шведофільською партією в Польщі і можливість погодження Палія з польським урядом.Але назовні стосунки між Гетьманом і Палієм були нібито нормальні. У половині червня 1704 р. Палій приїхав до гетьманського табору коло Паволочі й супроводжував Гетьмана в дальшому поході на захід. Час минав у пересправах, бесідах та бенкетах, але ні згоди, ні довір’я вже не було. Палій не крився зі своєю критикою щодо порядків на Гетьманщині й особисто щодо Гетьмана. В Мазепи чимраз більше накопичувалося різних - і справжніх, і, мабуть, вигаданих - доказів нелояльності старого співробітника. Гетьман хотів спекатися Палія, посилаючи його до Москви й складаючи тим самим відповідальність за його долю на московський уряд. Але Палій відмовився, підозріваючи небезпеку.Тоді наприкінці липня, під Бердичевом, Гетьман наказав заарештувати Палія, а згодом відіслав до Батурина, де Палій був ув’язнений. Наприкінці березня 1709 р. Палія перевезено було до Воронежа, де тоді був Петро І. Палію було дозволено відвідати доньку в Києві. Палій брав участь у Полтавській битві як охоче-комонний полковник у війську гетьмана Івана Скоропадського і переслідував шведів до Переволочни. У вересні 1709 р. йому повернуто було уряд білоцерківського полковника. Але політична роль Палія була давно вже скінчена. Він номер у січні 1710 р. і навіть точна дата його смерті не збереглася в історії.Помічники Палія або були заарештовані разом з ним (Семашко), або визнали переворот (К. Часник, небіж Палія, і А. Танський, зять Паліїв). Козаки, що були в Білій Церкві, не хотіли підкоритися гетьманському наказові: "поки не уздрим нашого батька (Палія), поты не поддамось гетманству", - казали вони. Але сили були нерівні, і незабаром Правобережна Україна опинилася під безпосередньою владою гетьмана Мазепи.
