Політика Івана Мазепи стосовно церкви, безумовно, базувалася на його світогляді. Гетьман походив з української православної шляхти, причому в родах його батьків і дідів були дуже сильними православні та патріотичні традиції. Важливим є й те, що Мазепа вчився саме у Києво-Могилянській академії – найголовнішому тоді центрі православної освіти. Його навчання припало на ректорство таких видатних діячів Української Православної Церкви (УПЦ) як Лазар (Баранович), Феодосій (Софонович), Йоаникій (Галятовський). Уже будучи генеральним осавулом, а потім і гетьманом, Мазепа підтримував дружні контакти з багатьма іншими видатними діячами УПЦ..Як відомо, Військо Запорізьке активно виступало в ролі покровителя Української Православної Церкви (УПЦ) і ця політика стала особливо виразною після Берестейської унії, про що свідчить роль Війська у відродженні вищої ієрархії УПЦ у 1620-1621 рр. Тільки Православну Церкву керівники Війська Запорізького розглядали як дійсно Христову Церкву, вбачали в УПЦ важливу опору й легітимацію своєї влади, тому надавали їй всіляку підтримку. Оскільки тоді головним багатством і засобом існування храмів та монастирів була земля, то гетьмани й взагалі козацька старшина продовжують у цьому відношенні політику панівної еліти Київської Русі, православних князів та шляхти литовсько-польської доби, надаючи Церкві маєтності – земельні угіддя (нерідко разом із залежними селянами), нерухоме та рухоме майно, хоча гетьманові доводилося діяти в умовах уже значно обмеженої державної автономії Гетьманщини. На момент приходу Мазепи до влади ситуація УПЦ зазнала суттєвих негативних змін. Ще за гетьманату Івана Самойловича в порушення церковних канонів статус УПЦ було змінено. Якщо раніше (з 988р.) УПЦ перебувала під омофором Константинопольського (Вселенського) Патріарха, то у 1685-1686 рр. вона опинилася у залежності від Патріарха Московського. Внаслідок колоніальної політики Москви й Петербургу йшов потужний наступ на автономію УПЦ, яка швидко танула в порушення попередніх договорів та домовленостей. Отже стрижневою лінією церковної політики Мазепи, яка звучала в унісон з його загальнодержавною політикою, було прагнення зберегти наскільки це було можливим автономію УПЦ і навіть розширити її. Скориставшися ослабленням Речі Посполитої і заручившися підтримкою царського уряду1700р. Мазепа видав універсал про відновлення Переяславського єпископства,1701 підтвердив привілеї Переяславської кафедри й підпорядкував їй два правобережних монастиря (Трахтемирівський та Канівський)(338). На фундацію новозбудованого єпископського собору в Переяславі з монастирем тощо гетьман надав величезну суму. Цікаво, що йому ж він у 1701р. передав із своєї бібліотеки знамените Пересопницьке євангеліє ХVІ ст .у подальшому саме ця єпархія (Переяславсько-Баришпольська) буде контролювати всі православні парафії на Правобережній Україні. В ідеалі Мазепа тяжів до відродження Київської митрополії в кордонах 1448р. Посилення позицій УПЦ з точки зору Мазепи було неможливим без припинення дискримінації православних у Речі Посполитій, без ліквідації унії, у чому він був послідовником традиційної політики гетьманів-своїх попередників. Тривала присутність військ Мазепи на Правобережній та Західній Україні сприяла посиленню там позицій УПЦ. Слід відзначити, що царська Росія, хоч і відверто вороже ставилася до УГКЦ, однак з тактичних міркувань не поспішала з підтримкою ініціатив Мазепи, бо Річ Посполита була союзницею Московської держави проти Швеції і явно порушувати існуючий стан речей у міжконфесійних відносинах у регіоні було з точки зору Москви у даний момент недоцільним. У цьому контексті зрозумілішими стають і рішення Замойського синоду УГКЦ (1720р.), скликаного наприкінці Північної війни, коли українські війська вже повернулися на Гетьманщину. Тоді в Речі Посполитій було вжито заходів по грунтовному розмежуванню УПЦ та УГКЦ, зокрема в греко-католицьких парафіях мали вилучити із вжитку православні книги, було зроблено важливі кроки на шляху латинізації церковного обряду тощо.Гетьман надавав величезну матеріальну допомогу УПЦ, насамперед Київській митрополії та провідним українським (в першу чергу київським) монастирям, в першу чергу Києво-Печерській лаврі, котра за гетьманату Мазепи переживає свій "срібний вік".
