Православне духовенство Гетьманщини перетворилося з переслідуваного на привілейований стан суспільства. Українська держава гостро потребувала ідеологічної сили, яка б обґрунтовувала її право на існування, давала відсіч католицькій експансії та підтримувала соціальний спокій у суспільстві. Останнє було особливо актуальним в умовах, коли, як з прикрістю зазначав видатний культурно-освітній діяч Антоній Радивиловський, «у минулі віки на слова проповідничі мертві вставали і слухали, а тепер живі слова божого слухати не хочуть». Гетьманська адміністрація всіляко підтримувала намагання духовенства зайняти відповідне місце в суспільстві. Спочатку вона захищала інтереси монастирів—кожного зокрема, а згодом почала надавати привілеї духовенству в цілому як визначеному стану. Глухівські статті 1669 р. звільнили монастирські маєтки від загальнодержавних податків. Лівобережне духовенство поступово відновлювало юрисдикцію над залежними селянами. Тільки ухвалення смертних вироків залишалося в компетенції місцевих полковників і вищої судової влади.
Зміцнення станових прав дало змогу українському духовенству тривалий час протистояти спробам московського патріархату підкорити собі Київську митрополію. Остання здавна підлягала константинопольському патріархові, контроль якого обмежувався фактично висвячуванням київського митрополита без втручання у внутрішні справи митрополії. Таке становище ієрархи намагалися зберегти і в складі Російської імперії. Влітку 1654 р. вони звернулися до російського царя з клопотанням визнати їхнє підпорядкування виключно константинопольському патріархату. Прохання залишилось незадоволеним. Відносини між вищим українським духовенством і російським урядом загострилися після смерті у 1657 р. київського митрополита Сильвестра Косова. Українські ієрархи бажали висунути кандидатуру на посаду нового митрополита зі свого середовища, а російський уряд наполягав визнати владу московського патріарха. Однак за¬галом серед українського духовенства не було єдності щодо свого підпорядкування. Це типове явище для суспільства, коли між окремими групами населення існують політичні суперечності. Тоді як більшість церковних ієрархів відстоювала своє право на підпорядкування константинопольському патріархові, рядові священики, протопопи, дяки і дячки намагались добитися обмеження влади своїх владик. Зробити це вони сподівалися з допомогою московського патріарха, їхнім лідером став ніжинський протопоп Максим Филимонович, досить популярний в Україні громадський діяч.
За наполяганням нижчого духовенства й козацької старшини до проекту Переяславських статей 1659 р. було внесено пункт щодо висвячення київського митрополита московським патріархом. Але навіть така половинчастість не влаштовувала царський уряд, і він не був затверджений. Втім уже за два роки царизм без згоди константинопольського патріарха призначив блюстителем Київської митрополії Филимоновича. Невдоволення декого з ієрархів та козацької старшини не завадило московським властям і оточенню гетьмана Івана Брюховецького записати в Московські статті 1665 р. пункт про те, що на посаду київського митрополита призначається російський духовний чин. Усі спроби ієрархів відновити церковну незалежність виявились марними. У 1687 р. залишки автономії Київської митрополії були ліквідовані, й вона підкорялася московському патріархату.
