Саме на словацьких теренах у 1678 р. мадярські магнати, спираючись на підтримку османів, організували один із найбільших антигабсбурзьких виступів. За короткий час війська повстанців на чолі з Імре Текеєм взяли під свій контроль землі Східної та Центральної Словаччини. Однак поразки османської армії під Віднем 1683 р., а потім і на угорських територіях ускладнили становище повсталих і прискорили їх остаточний розгром військами імператора Леопольда І (1657—1705 рр.). Ватажок повстання — І.Текей — мусив тікати разом з османами, а габсбурзька армія займала місто за містом. Найдовше оборонявся Пряшів. Захопивши місто, австрійці жорстоко розправилися з учасниками повстання.
В умовах, що склалися, угорська шляхта змушена була поступитися Габсбургам. Державні збори в листопаді 1687 р. визнали право австрійської гілки Габсбургів за чоловічою лінією на успадкування угорської корони, а також відмовилися від права на «співправління» — одного з найважливіших привілеїв угорських феодальних станів, що існував з 1222 р. Відтепер Угорське королівство стало спадковим володінням Габсбургів. На словацьких землях, визволених з-під османів, Габсбурги продовжували політику Контрреформації, застосовували проти реформатів терор і репресії [6, c. 197].
Отже, словацьке населення в другій половині XVI ст. й особливо в XVII ст. несло на собі головний тягар боротьби проти османської експансії. Словацькі землі перетворилися на арену жорстокого воєнного протиборства між Османською Портою і Габсбургами. Під час австрійсько-османських воєн, що тривали, з перервами, майже ціле XVII ст. частина словацьких територій перебувала під владою Порти, і лише за Карловецьким миром 1699 р. їх знову було повернуто до складу імперії Габсбургів.