Як досвідчений політик, Цезарь прекрасно розумів, що озброєний виступ проти коаліції Помпея, що мав в розпорядженні армію, розквартировану в Іспанії і Африці, і сенату як верховного органу Римської республіки означало початок кровопролитної громадянської війни з непередбачуваними наслідками. В той самий час, розв’язуючи громадянську війну, Цезарь усвідомлював, що йшлося не лише про його особисте честолюбство і бажання захопити верховну владу в державі, відтіснивши від її стерна корумповану і нездібну до управління величезною державою римську аристократію. За Цезарем стояло досить численне, хоча і різнорідне політичне угрупування, яке відбивало інтереси різних прошарків римського громадянства, — муніципальних власників, частини вершників і навіть деяких кругів сенатської аристократії, зацікавлених в реформуванні застарілого державного устрою. Мав він і підтримку більшості провінційної аристократії, що прийняла римське панування, але зацікавлена в отриманні римського громадянства і повноправній участі в управлінні хоч би на рівні провінцій. І, звичайно, потужною силою підтримки Цезаря була його численна (до 12 легіонів) і загартована у боях армія, зацікавлена безпосередньо в перемозі Цезаря і отриманні обіцяних щедрих нагород, земельних ділянок і почесних призначень.
Після деяких коливань і ретельного аналізу військово-політичної обстановки, що склалася, Цезарь прийняв рішення почати військові дії проти сенату і Помпея. 10 січня 49 р. до н. е. один з легіонів Цезаря форсував пограничну річку Рубікон, відділяючу провінцію Цізальпійська Галлія від власне Італії. Жереб був кинутий (Alea jacta est). Громадянська війна, в якій загинула Римська республіка, почалася.
На перший погляд, військово-політичне положення Цезаря було хитким. Йому протистояла потужна коаліція талановитого полководця Помпея з його армією і правлячого сенату, тобто існуючого уряду, що мав в розпорядженні не лише увесь авторитет законного органу управління, але і величезну державну казну. Проте реальне положення Цезаря виявилося стійкішим, ніж могло здатися на перший погляд. З військової точки зору, сили Цезаря були значнішими, ніж у Помпея і сенату. Якщо за загальною чисельністю вони були більш менш рівними (по 12—14 легіонів у кожного), армія Цезаря була монолітна, набула великого досвіду ведення війни в Галлії, була повністю відмобілізованою і готовою до найрішучіших дій. Армія Помпея була роздроблена на два великі угрупування, з яких одна (6 легіонів) стояла в Африці, інша (8 легіонів) була розквартирована в Іспанії, тоді як їх командувач знаходився в Римі. Вже понад 10 років воїни Помпея не брали участь у великих війнах, насолоджувалися тривалим миром і, природно, поступалися за своїми бойовими якостями загартованим у боях ветеранам Цезаря. Правда, Помпей від імені сенату міг зробити набір в легіони серед римських громадян в Італії, до того ж мав в розпорядженні усю державну казну.
Подібною розстановкою сил і диктувалися дії Цезаря. Його план ведення війни полягав в тому, щоб не допустити набору воїнів в Італії для Помпея і захопити державну казну, з якої потім фінансувати утримання своїх військ. Виконання цього плану повинне було зумовити подальші успіхи Цезаря. Як показав час, наступні події громадянської війни розвивалися за цим сценарієм. Передусім Цезарь потурбувався про несподіваність своїх дій і про те, щоб ввести в оману Помпея про свої наміри. Впродовж року Цезарь проявляв незвичайну миролюбність, приймаючи практично усі умови сенату і Помпея відносно виходу у відставку і складання з себе повноважень проконсула. Він тримав усі свої сили далеко від Італії в Трансальпійській Галлії. Прибувши в Цізальпійську Галлію, Цезарь демонстративно узяв з собою лише один легіон, залишивши усі інші за Альпами. Бенкети і пиятики, яким Цезарь активно вдавався напередодні вторгнення, повинні були показати, що проконсул мало думає про війну. Навіть напередодні форсування Рубікону він задав розкішний бенкет своїм друзям, одночасно видавши секретний наказ своєму легіону про переправу.
Мета була досягнута. Не говорячи про недалекоглядних сенаторів, що наївно вважають, що їх резолюціями управляється держава, навіть досвідчений Помпей був дезінформований і не прийняв запобіжних заходів для оборони Італії. Цезарь же використав чинник несподіваності повною мірою. Форсувавши Рубікон, він нестримно просувався по Фламінієвій дорозі до Риму, практично ніде не зустрічаючи опору. Лише у районі міста Корфінія 30 когорт Помпея (близько 3 легіонів, тобто у 3 рази більше, ніж у Цезаря) спробували учинити опір. Після короткої облоги і щедрих обіцянок Цезаря вони перейшли на його сторону. Цезарь поступив дуже розсудливо по відношенню до колишніх супротивників: усі воїни отримали пробачення і запрошення вступити в його армію, що і було зроблено більшістю колишніх легіонерів Помпея. Збентежений таким стрімким розвитком подій, Помпей не зміг ні провести набір воїнів в Італії, ні переправити сюди свої війська з Іспанії або Африки. Єдине, що він зміг зробити, — спішно переправитися в Грецію, зібрати там свої розрізнені легіони, наскільки це було можливо, і вичікувати подальшого розвитку подій. Разом з Помпеєм в Грецію втекло і багато сенаторів. Цезарь безперешкодно захопив Рим і отримав у свої руки велику державну казну. План його блискуче вдався. Проголошений диктатором, Цезарь провів набір воїнів, поповнив свою армію до 7 легіонів і міг приступити до виконання наступних завдань. Він не став переслідувати Помпея в Греції, а вирішив розгромити його сильне угрупування, що стоїть в далекій Іспанії (8 легіонів). Іспанські легіони учинили наполегливий опір диктаторові, але деморалізовані через відсутність свого головнокомандувача, який у цей момент збирав сили в Греції, вони були блоковані Цезарем при місті Ілерді і капітулювали (49 р. до н. е.). Велика частина воїнів отримала пробачення, була запрошена в армію Цезаря, поповнивши її ряди.
Перемога при Ілерді ще більше погіршила загальний стан сенатської партії. Проте у розпорядженні сенату були ще дуже великі сили зібрані в Греції (до 10 легіонів), крім того, в розпорядженні Помпея знаходилися величезні матеріальні ресурси багатих східних провінцій, в яких правили намісники, призначені сенатом. Як і раніше, Цезарь діяв рішуче і сміливо. Залишивши значну частину своїх легіонів в Іспанії і Галлії (велика армія не могла швидко рухатися, до того ж Іспанія і Галлія потребували охорони), він форсованим маршем з 6 легіонами досяг Італії, звідси переправився в Грецію і біля міста Діррахій вступив в зіткнення з основними силами Помпея. Проте спроба з ходу розгромити свого супротивника закінчилася повною невдачею. Деморалізовані легіонери Цезаря закрилися в таборі, і лише незрозуміла нерішучість Помпея (він зупинив переслідування супротивника) врятувала Цезаря від повної поразки, а можливо, і загибелі.
Скориставшись несподіваним передихом, Цезарь відвів війська у Фессалію, дав відпочинок воїнам, поповнив легіони. Тепер уже Помпей вирішив, розвиваючи свій успіх при Діррахії, напасти на армію Цезаря, що стояла у Фарсала. Здавалося, чаша вагів починає схилятися на сторону сенату. Війська Помпея були добре забезпечені продовольством і спорядженням, майже в два рази перевершували за чисельністю свого супротивника (40 тис. піхоти, 6 тис. кінноти проти 27 тис. піхоти і 2 тис. кінноти), до того ж тільки що перемогли армію Цезаря під Діррахієм.
Проте битва при Фарсалі (літо 48 р. до н. е.) закінчилася повною поразкою Помпея. Як виявилося, об’єктивні показники чисельної переваги і матеріального забезпечення відступили перед військовим талантом полководця, організованістю і стійкістю його воїнів. Цезарю вдалося розгадати план Помпея: удар усієї маси кінноти по правому флангу, щоб перевернути його і зайти в тил основної частини легіонів Цезаря. Цезарь усупереч усім наявним тоді правилам сконцентрував на напрямі головного удару кінноти кращі когорти легіонної піхоти, які у взаємодії зі своєю кавалерією не лише витримали страшний удар кінноти Помпея, але і перевернули її і спонукали до втечі. Кіннота, що хлинула назад, змела власні легіонні порядки, а удар переслідуючих цезаріанських когорт довершив справу. Лівий фланг Помпея був зім’ятий, після чого похитнувся весь фронт і почалася втеча.
Перемога була повною. Сам Помпей втік на Лесбос, звідти спробував проникнути в Єгипет, в якому сподівався отримати фінансову допомогу від свого колишнього союзника — єгипетського царя. Помпей, мабуть, розраховував зібрати нові сили і приєднати їх до тих легіонів, які стояли в провінції Африка. Проте єгиптяни вже знали про нищівну поразку Помпея при Фарсалі. Бажаючи витягнути політичні вигоди з ситуації, найближчі радники єгипетського царя організували вбивство Помпея і передали його голову Цезарю, який переслідував супротивника.
Опинившись в Єгипті, Цезарь був втягнутий в заплутані внутрішньоєгипетські справи. Річ у тому, що в 51 р. до н. е. помер цар Птолемей XII, і між його дітьми — 12-річним сином Птолемеєм ХIII і 18-річною дочкою Клеопатрою VII (вірніше, між їх придворними кліками) — розгорілося суперництво. Перемогу отримали прибічники юного Птолемея XIII, Клеопатра була усунена від влади і вислана з Александрії. Проте енергійна Клеопатра не змирилася зі своєю долею. Скориставшись прибуттям Цезаря, Клеопатра проникла до римського диктатора, зуміла захопити його своєю красою, а також вигідністю політичного союзу між нею як повелителькою Єгипту і римським командувачем. Захоплений красою і неабияким розумом юної цариці, необхідністю рішення складних внутрішньодинастичних відносин, Цезарь провів в Єгипті 9 місяців, кинувши на самоплив усі інші військові і політичні справи. Правда, в Єгипті йому вдалося подавити опір супротивників Клеопатри і затвердити її владу (брат Клеопатри Птолемей XIII загинув у боротьбі), причому в цій міжусобній боротьбі Цезарь трохи не загинув, а сумним наслідком цього династичного розбрату була загибель в пожежі безцінних скарбів Александрійської бібліотеки (47 р. до н. е.). І хоча вдячна Клеопатра надала в розпорядження Цезаря усі свої величезні багатства, тривале перебування в Єгипті дозволило політичним супротивникам Цезаря оправитися від поразки і знову зібрати свої сили.
Потужна, добре укомплектована армія помпеїців стояла в Африці (близько 6 легіонів). Залишені в Іспанії легіони Помпея, капітульовавши під Ілердою і які були пробачені Цезарем, збунтувалися, призвали до себе синів Помпея Секста і Гнея і виступили проти влади переможця. Син Митридата VI Фарнак — правитель Боспорського царства вирішив скористатися політичним сум’яттям в східних провінціях. На чолі армії в 30 тис. воїнів він переправився в Малу Азію, захопив територію колишнього Понтійського царства, а також Колхіду, Малу Вірменію, частину Каппадокії і навіть Віфінії. У результаті доки Цезарь знаходився в Єгипті, він опинився в кільці ворогів.
Скрутне військове становище Цезаря посилювалося соціальними заворушеннями в центрі держави, в самому Римі та Італії.
Соціальна напруженість була однією з найважливіших причин виникнення громадянської війни і під час протиборства воюючих сторін проявлялася у формі відкритих виступів як на народних зібраннях, так і в озброєних сутичках. Однією з найгостріших була проблема заборгованості різних категорій римського і італійського населення. Популярним гаслом стає вимога tabulae novae, тобто відміна всякої заборгованості, списування боргів, занесених в кредиторські книги (tabulae). Заборгованість росла із-за зростаючого зубожіння малозабезпечених прошарків громадян у зв’язку з військовими діями, природною у зв’язку з цим затримкою підвезення зерна в Рим і зростанням цін на продовольство.
Питання про заборгованість постало з усією гостротою вже тоді, коли Цезарь уперше захопив Рим після переходу через Рубікон. З властивою йому гнучкістю Цезарь зміг пом’якшити напруженість через часткове вирішення боргового питання. Згідно з едиктом диктатора 49 р. до н. е., виплачені відсотки віднімалися з основної суми боргу і тим самим зменшували її дуже значно. В той самий час боржники могли частину боргу погасити за рахунок свого майна, яке має бути оцінене за більш високими (довоєнними) цінами. На якийсь короткий час це компромісне рішення пом’якшило гостроту боргового питання. Проте після від’їзду Цезаря з Риму на театр військових дій заворушення в Римі і Італії незабаром спалахнули знову. Ростом соціальної напруженості спробували скористатися честолюбні офіційні магістрати. Так, в 48 р. до н. е. претор Целій Руф запропонував радикальний законопроект про відміну усіх боргів і тим самим отримав величезну популярність у столичного плебсу і бідного італійського населення. Такий радикальний захід, як відміна усієї заборгованості, міг призвести до найсерйозніших потрясінь усіх власницьких відносин і до непередбачуваних наслідків. Природно, ні Цезар, ні сенат не могли з цим погодитися. Сенат змістив Целія Руфа з посади претора, він був вимушений втекти з Риму на південь Італії. Тут Целію Руфу вдалося зібрати значні сили прибічників відміни усіх боргів, головним чином з числа бідного населення італійських міст. Популярність і сили Целія Руфа нестримно росли. Справа стала приймати найсерйозніший оборот і зажадала прийняття від сенату і залишених Цезарем магістратів рішучих заходів. З Риму були нацьковані досить великі сили, яким вдалося без особливих зусиль розсіяти погано організовані скупчення прибічників Целія Руфа, сам він загинув у бою. Наступного року проблему заборгованості знову спробував підняти народний трибун Корнелій Долабелла. Він відновив законопроект про касацію боргів, а коли сенат рішуче відкинув цей законопроект, Долабелла призвав римське населення до повстання. Залишений Цезарем в Римі в якості його заступника Марк Антоній рішуче втрутився в події, повстання було пригнічене, а Долабелла був усунений зі своєї посади. Проте військове пригнічення обох повстань зовсім не вирішувало гострої проблеми заборгованості, і вона продовжувала отруювати громадську атмосферу.
В цілому в 47 р. до н. е., більш ніж через два з половиною роки після початку і такого блискучого ходу громадянської війни, перед Цезарем і його прибічниками постали нові важкі проблеми. Вони виникали навіть там, де їх, здавалося, і не повинно було бути,— у цезарській армії. І річ не лише в тому, що Цезарь постійно зараховував до складу своєї армії колишніх помпеїських легіонерів, які далеко не завжди були надійні і могли відійти при перших же невдачах диктатора. Навіть найвідданіші, так би мовити, корінні цезарці, що пройшли із звитяжним полководцем усі галльські походи, з різних причин (одні з небажанням билися зі своїми співгромадянами, інші не розділяли автократичних замашок свого полководця, треті просто втомилися від 12-річних воєн) виражали невдоволення тривалою громадянською війною, вимагали почесної відставки, обіцяних нагород і земельних ділянок. Цезарю довелося проявити буквально чудеса виверткості і політичного мистецтва, щоб заспокоїти легіонні маси, включаючи свою особисту чарівливість і знання військової корпоративної психології: він, наприклад, міг назвати легіонерів не воїнами, а громадянами, і тим уразити їх військову гордість, він міг демагогично заявити, що демобілізуватиме усіх воїнів і битиметься тільки з одним 10-м легіоном, він міг взяти особисту участь в битві або у важкому поході, розділяючи усі його тяготи з рядовими легіонерами, хоча не відрізнявся міцним здоров’ям. Проте вирішальну роль мали вжиті Цезарем заходи по реальному виконанню обіцяних нагород. З цією метою він проявив неабияку майстерність в мобілізації усіх засобів. У справу пішла не лише багата галльська здобич і величезна державна казна, але і казкові скарби Клеопатри, накопичені за 300 років правління Птолемеїв, а також конфісковані статки Помпея і його вельможних прибічників. Коли не вистачило срібла для карбування традиційної римської монети для оплати ветеранів, Цезарь наказав чеканити монети із золота, започаткувавши одну з найбільших в римській історії золоту емісію.
