Серед наукових закладів України провідним центром і в роки незалежності залишилася Академія наук, яка в 1994 р. була проголошена національною (НАН України). Однак і тут відчувалася недооцінка фундаментальних досліджень. До того ж понад 90% нових технологічних розробок не впроваджувалися у виробництво.
У науковій сфері в цілому по Україні великі труднощі створюють низький рівень її фінансування, криза виробництва і мізерний попит підприємств на наукові розробки. Це спричинило недостатнє матеріально-технічне і кадрове забезпечення наукових закладів, в які майже не надходять сучасні прилади та обчислювальна техніка. Окремі інститути втратили 50-60% своїх працівників, які виїхали за кордон або перейшли в інші сфери діяльності. Вже в 1994 р. було відомо, що в західні країни з України виїхало до ЗО тис. учених, переважно з природничих та прикладних наук. Внаслідок падіння престижу наукової праці спостерігається зниження професіоналізму вчених, небажання молоді вступати до аспірантури і відсутність там конкурсу. Такий стан не дає надії на швидкий вихід України з кризи, хоча немало вчених працюють у цьому напрямку.
В середині 90-х років поступово змінюється ставлення до фундаментальних досліджень в інститутах НАН України, розвиваються її зв´язки з деякими закордонними науковими установами. У 1996-1997 pp., після створення в структурі уряду України спеціального міністерства в справах науки на чолі з академіком В.Семиноженком, діяльність багатьох наукових закладів активізується. Динамічніше розвиваються гуманітарні науки, створюються нові інститути, нові напрями досліджень. Зокрема, засновано інститут української мови, інститут сходознавства імені А. Кримського, інститут світової економіки і міжнародних відносин, інститут соціологічних досліджень та ін., переважно в складі НАН. У 2001-2003 pp. відбувається певне зростання фінансування наукових досліджень, нових розробок в космічній галузі та ін.
Розгорнута робота щодо написання фундаментальних праць з історії України, історії української культури, зміцнюються зв´язки наукових закладів гуманітарного напряму з діаспорою, яка частково повернулася на історичну батьківщину і включилася в державне та культурне будівництво (В. Гаврилишин, Б. Кравченко, Й. Пріцак, Т. Гунчакта ін.). Активізувалася робота наукових інститутів під керівництвом академіків І. Кураса та В. Смолія.
По-новому запрацювала Всеукраїнська атестаційна комісія (ВАК) України, створена національна система атестації наукових кадрів. Отже, з´явилися перші ознаки виходу української науки з глибокої кризи.
У 1990-ті роки в Україні були засновані Академія наук вищої школи, Українська академія аграрних наук, Академія медичних наук, Академія мистецтв, Академія правових наук (нині - Національна). Виникла низка дослідних інститутів та центрів як громадських об'єднань науковців, наукових товариств. Зокрема, з 1989 р. в Україні діє відновлене Наукове товариство ім. Т. Шевченка.
У 1993 р. в Києві було створено Міжнародну асоціацію академій наук (МААН) як неурядову самоврядну організацію. При МААН створені наукові ради з окремих проблем, зокрема, з нових матеріалів, фундаментальних географічних проблем, обчислювальної математики та інших напрямів. Нині МААН є єдиною міжнародною структурою, яка зберігає та розвиває зв'язки між науковцями країн СНД.
