Розвиток науки в другій половині XVI — першій половині XVII ст. був тісно пов’язаний з тими загальнокультурними процесами, які переживало українське суспільство в зазначений період. Радикальний поворот до Заходу позначився новими якісними зрушеннями в усіх сферах культурного життя українського народу, в тому числі і в царині науки.
Розвиток природничих наук. Протягом XVII—XVIII ст. дедалі дужче зростала зацікавленість природничими науками. У лекціях провідних професорів Києво-Могилянської академії використовувалися елементи астрономії, фізики, біології, медицини. У курсі філософії більшого значення набувала фізика, до якої вводили такі розділи, як рух, космологія тощо. З'явилися курси натурфілософії — попередниці природознавства. До вивчення природних явищ закликав Феофан Прокопович, який навіть виголосив спеціальну промову перед студентами й професорами «Про заслуги й користь фізики». Фізика, на думку вченого, повинна перейматися не вигадуванням, а вивченням реального світу.
Велика увага надавалася вивченню математики. Зокрема, Феофан Прокопович у 1707—1708 pp. прочитав курс, основу якого становили арифметика й геометрія. У другій половині XVIII ст. в академії було відкрито класи чистої математики (алгебра й геометрія), а також змішаної математики, де викладали цивільну й військову архітектуру, механіку, гідростатику, гідравліку, оптику, астрономію тощо.
Києво-Могилянська академія надавала студентам і медичні знання. Офіційно клас медицини було відкрито 1802 р. А втім, чимало випускників Києво-Могилянської академії, маючи добрі знання латини, і раніше студіювали медицину в західноєвропейських університетах. Вихованці академії стали знаними медиками, засновниками лікувальних закладів не лише в Україні, а й у Білорусі, Росії, Грузії.
Про зацікавленість в Україні математичними науками на зламі XVI — XVII ст. свідчить той факт, що в особистих бібліотеках освічених міщан та представників духовенства були книги науково-природничого змісту. Судячи з підручників та рукописних посібників, якими користувалися в школах XVI — початку XVII ст., автори цих праць розрізняли два види арифметики: числову, або звичайну, і так звану лінійну, обчислення в якій виконувалися на лініях за допомогою камінців або спеціальних жетонів.
У математичній літературі XVI — початку XVII ст., що поширювалася в українському науково-освітньому середовищі, переважає так звана лінійна арифметика. Зразком цього типу арифметичної науки слід вважати друкований латиномовний підручник "Лінійна арифметика" Бенедикта Гербеста, що вийшов у Кракові 1561 p.
Характеризуючи стан наукових знань, слід зазначити дальший розвиток правознавства (правничі, політичні, соціальні проблеми розглядали згадуваний Станіслав Оріховський, професори Замойської академії, де 1594 р. засновано кафедру римського права), нагромадження знань з сільського господарства (отже, з ботаніки та зоології), військової техніки, медицини. В українських містах працювало чимало здібних медиків. Зокрема, львівський доктор медицини Еразм Сикст відзначився як автор трактату з бальнеології — книжки про мінеральні води в с. Шкло.
Підбиваючи загальний підсумок розвитку науки в Україні в другій половині XVI — першій половині XVII ст., слід насамперед підкреслити її відчутний прогрес: від загального нагромадження різного роду знань до виділення окремих із них у самостійні науки. Наука, під якою розуміли головно вченість і знання, а не дослідження, ставала важливим компонентом інтелектуальної діяльності.
