Структура психологической службы в системе образования многоуровневая, как и сама эта система. На федеральном уровне (министерств и ведомств) могут вводиться должности главных психологов или создаваться специальные отделы, ведающие работой психологической службы. В таких отделах решаются вопросы, касающиеся ее кадрового, программного, методического и другого общегосударственного обеспечения. Региональный уровень представлен областными, краевыми и республиканскими научно-методическими центрами психологической службы, которые обеспечивают руководство ею в масштабах субъекта РФ. Работой этих центров могут руководить высококвалифицированные специалисты-психологи, имеющие высшее психологическое образование университетского уровня или ученую степень по психологии. Непосредственно практической работой с детьми эти центры, как правило, не занимаются, а имеют дело лишь с практическими психологами, работающими на местах. Муниципальный уровень представляют подразделения психологической службы при городских и районных органах управления образованием, которые организуют и координируют деятельность практических психологов, работающих непосредственно в образовательных учреждениях. Каждый уровень организации психологической службы является законодательным по отношению к нижестоящему уровню и исполнительным по отношению к вышестоящему. Будучи административно включенными в определенные структуры системы образования и подчиненными органам их управления, практические психологи свои профессиональные обязанности реализуют независимо и за добросовестное их исполнение несут полную персональную ответственность.
В основном практический психолог работает по программе, утверждаемой центральным или вышестоящим органом управления психологической службой. В этой программе обычно определяются те виды работ, которые за определенный срок должны быть выполнены психологом, их содержание, объем и требуемые затраты времени. Существуют нормативы, устанавливающие режим работы практического психолога, нормы и правила его делового взаимодействия с другими участниками образовательного процесса.