Для дифференциальной диагностики некоторых кишечных инфекций и установления характера и глубины поражения слизистой оболочки прямой и сигмовидной кишок издавна практикуют ректороманоскопию. Метод позволяет исследовать состояние слизистой оболочки кишечника на протяжении, но не далее 30 см от заднего прохода. В последнее время ректороманоскопия уступает по диагностической ценности методам, выявляющим патологические изменения более глубоко расположенных отделов кишечника, — фиброколоноскопии и рентгенологическому исследованию (ирригоскопии). При эхинококкозе и альвеококкозе локализацию и интенсивность очагов поражения можно выявить с помощью сканирования печени.
При выявлении очаговых поражений висцеральных органов наиболее популярны методы ультразвукового исследования (УЗИ). Они неоценимы в дифференциальной диагностике заболеваний, сопровождающихся желтухой (вирусных гепатитов, новообразований печени и области её ворот, камней в жёлчных протоках и жёлчном пузыре и др.).
С этой целью также применяют лапароскопию и пункционную биопсию печени. В диагностике инфекционных болезней также применяют рентгенологические методы исследования (особенно исследование лёгких при ОРВИ), электрокардиографию (ЭКГ) и компьютерную томографию.
