В системе академических учреждений ключевую роль в разработке филологической проблематики играет Отделение историко-филологических наук (ОИФН) РАН. В его состав входят 16 институтов исторического и филологического профиля, расположенных в Москве и Санкт-Петербурге, и 18 региональных научных учреждений комплексного характера, находящихся под научно-методическим руководством РАН. Среди них такие известные и авторитетные академические учреждения, как Институт языкознания РАН (ИЯ РАН), Институт русской литературы (Пушкинский дом) РАН (ИРЛИ РАН), Институт русского языка им. В.В. Виноградова РАН (ИРЯ РАН), Институт мировой литературы им. Горького РАН (ИМЛИ РАН), Институт лингвистических исследований РАН (ИЛИ РАН) в Санкт-Петербурге, Институт славяноведения РАН (ИСл РАН), Институт востоковедения РАН (ИВ РАН), Институт этнологии и антропологии им. Н. Н. Миклухо-Маклая РАН (ИЭА РАН) и др. Основным направлением деятельности Отделения является широкая презентация и фундаментально-теоретическая разработка языкового, культурного, художественного наследия народов России. Изданные учеными институтов ОИФН РАН многотомные труды (более 800 книг в год) не имеют равных в мировой гуманитарной практике по полноте представленных материалов, глубине их комментирования и качеству редакционно-издательской подготовки. Каждый четвертый сотрудник Отделения занят преподавательской и научной деятельностью в вузах.
Вузовская филология представлена соответствующими факультетами университетов, институтов, академий и профильными кафедрами, лабораториями, центрами. Среди ведущих – старейшие вузы России, традиционно задающие тон и определяющие приоритеты филологических исследований. Это МГУ им. М.В. Ломоносова (филологический факультет, факультет иностранных языков и регионоведения, факультет журналистики, Высшая школа перевода, Высшая школа телевидения), Санкт-Петербургский госуниверситет, Российский государственный гуманитарный университет (Москва), Московский педагогический государственный университет, Российский государственный педагогический университет им. А.И. Герцена (Санкт-Петербург), Государственный институт русского языка им. А.С. Пушкина (Москва), Казанский (Привожский) федеральный университет и др. Самые крупные из них имеют наиболее разветвленную систему структурных подразделений. Так, на филологическом факультете МГУ работают кафедры общего и сравнительно-исторического языкознания, теории литературы, классической филологии, славянской филологии, русского языка, истории русской литературы, истории новейшей русской литературы и современного литературного процесса, русского устного народного творчества, византийской и новогреческой филологии, германской и кельтской филологии, английского языкознания, немецкого языкознания, иберо-романского языкознания, романского языкознания, французского языкознания, финно-угорской филологии, истории зарубежной литературы, теоретической и прикладной лингвистики, дидактической лингвистики и теории преподавания русского языка как иностранного, общей теории словесности (теории дискурса и коммуникации), русского языка для иностранных учащихся гуманитарных факультетов, русского языка для иностранных учащихся естественных факультетов, русского языка для иностранных учащихся филологического факультета; функционируют лаборатории общей и компьютерной лексикологии и лексикографии, устной речи, фонетики и речевой коммуникации, этимологических исследований, обеспеченного компьютером обучения, «Русская литература в современном мире»; при факультете созданы учебно-научные центры когнитивных исследований, новых информационных технологий в гуманитарном образовании, «Язык средств массовой информации», балтистики, Камоэнса, компьютерный центр. На базе филологического факультета МГУ действует Президиум Совета по филологии. В структуру филологического факультета СПБГУ входят Институт русского языка и культуры, Институт современных иностранных языков, Институт письменного и устного перевода им. А.В. Федорова, кафедры русского языка, русского языка как иностранного и методики его преподавания, истории русской литературы, истории зарубежных литератур, общего языкознания, классической филологии, библеистики, славянской филологии, английской филологии и лингвокультурологии, английской филологии и перевода, немецкой филологии, романской филологии, скандинавской и нидерландской филологии, финно-угорской филологии, иностранных языков и лингводидактики, фонетики и методики преподавания иностранных языков, математической лингвистики, непрерывного филологического образования и образовательного менеджмента, теории и методики преподавания искусств и гуманитарных наук, здесь функционируют центры лингводидактического тестирования, переподготовки и повышения квалификации научно-педагогических кадров по филологии и лингвокультурологии, образовательный центр дополнительных квалификаций.
Наряду с образовательной деятельностью филологические факультеты вузов ведут плодотворную научно-исследовательскую работу. При этом в последние десятилетия центрами некоторых перспективных направлений современной филологии постепенно, но все более устойчиво становятся провинциальные вузы. Так, широкую известность получили школа когнитивно-семантического анализа Воронежского госуниверситета, психолингвистическая школа Тверского университета, направление политической лингвистики, разрабатываемое в Уральском федеральном университете, исследования ученых Саратовского университета в области лингвистики речевых жанров, юрислингвистические лаборатории Барнаула и Кемерово.
