Процесс характеризовался развитием старой формы, т.е. состязательного процесса, и появлением новой - розыска. При состязательном процессе дело начиналось по жалобе истца, которая называлась челобитной. Она обычно подавалась в устной форме. По получении челобитной судебный орган принимал меры к доставке ответчика в суд. Явка ответчика обеспечивалась поручителями. Если ответчик каким-либо образом уклонялся от суда, то он проигрывал дело даже без разбирательства. Истцу в таком случае выдавалась так называемая бессудная грамота. Неявка истца в суд означала прекращение дела.
Несколько изменилась система доказательств. В отличие от Русской правды Судебник не различает послухов и видоков, именуя всех послухами. Послушествовать (т.е. свидетельствовать) теперь могли и холопы.
Доказательством признавалось и "поле" - судебный поединок. Победивший в единоборстве считался правым и выигрывал дело. Проигравшим признавался не явившийся на поединок или сбежавший с него.
Розыскной (следственный, или инквизиционный) процесс применялся при рассмотрении наиболее серьезных уголовных дел, в том числе по политическим преступлениям. Розыск отличался от состязательного процесса тем, что суд сам возбуждал, вел и завершал дело по собственной инициативе и исключительно по своему усмотрению. Подсудимый был объектом процесса. Главным способом "выяснения истины" при розыске являлась пытка. Главным доказательством вины служило признание самого обвиняемого.