В 1591 г. в Угличе погибает царевич Дмитрий, младший брат Федора. Народная молва обвиняет в этой смерти претендента на верховную власть - Бориса Годунова.
В 1598 году в Москве Патриархом Иовом был созван Земский Собор. На этом соборе участвовал совет патриарха («освященный собор»), боярская дума и представители служилых людей и торгово-промышленного населения Москвы. Изо всех московских князей и бояр два лица казались наиболее вероятными кандидатами на престол. Это были Борис Федорович Годунов и Федор Никитич Романов. Патриарх был на стороне Годунова и предложил собору избрать именно его. Собор согласился и единогласно (в феврале 1598 г.) предложил престол Борису. Хотя, таким образом, избрание Бориса было всенародным и вполне законным, однако шла молва, будто он тайно прибегал к подкупам и угрозам, чтобы обеспечить себе престол. Ему, конечно, легко было влиять на избирателей, так как он много лет стоял во главе правления, знал все дела и отношения и везде имел преданных себе чиновников и агентов. Но вместе с тем современники говорили, что Бориса избирали не только из боязни, но видя его «разум и правосудие», зная его «крепкое правление», то есть, оценив его правительственные способности и заслуги.
Согласившись в феврале 1598 г. принять престол, царь Борис венчался на царство только 1 сентября. С такою же осторожностью он держал себя и в дальнейшее время. Боясь покушений на свою власть, он воспользовался первыми предлогами для того, чтобы устранить подозрительных для него бояр. При царском избрании 1598 г. беспокойно держал себя боярин Богдан Бельский, желавший будто бы захватить престол для себя; Борис в 1600 г. сослал его в далекое Поволжье. Действительным соперником Бориса в 1598 г. был боярин Фёдор Никитич Романов, стоявший во главе знатной и популярной боярской семьи. В 1600—1601 гг. Борис, воспользовавшись каким-то доносом, отдал всех Романовых под суд по обвинению в злоумышлениях на государя.
В управлении государством Борис продолжал делать то, что делал он при царе Федоре: всеми мерами стремился к восстановлению народного благосостояния, потрясенного в эпоху Грозного. Он уклонялся от внешних столкновений, не желая втягивать государство в новые войны. Он заботился об укреплении правосудия и справедливости и желал истребить лихоимство и самоуправство и оградить мирное население от насильников. При нем было учреждено патриаршество, что повысило ранг и престиж русской церкви.
Во время своего венчания на царство Борис взялся за ворот своей сорочки, шитой жемчугом, и в порыве чувства сказал патриарху, что и эту последнюю сорочку разделит с бедными и нищими в своем царстве. Тем не менее, внутри страны он всячески поддерживал поместное дворянство. В 1597г. правительство Годунова обнародовало указ об "урочных летах" — пятилетнем сроке сыска беглых крестьян, а также указ, по которому люди, попавшие в долговую кабалу (кабальные холопы) и служившие по вольному найму (добровольные холопы), прикреплялись к своему хозяину до его смерти. Эти меры, обеспечившие феодалов рабочей силой, привели к экономической стабильности, но сделали обстановку в стране взрывоопасной.
В своих государственных заботах Борис большое значение придавал европейскому просвещению. Он охотно обращался к иноземцам-техникам и докторам и брал их на свою службу. Сын Бориса, Федор Борисович, получил необычное по тому времени образование. Думая об устройстве в Москве школ на иноземный лад, Борис, до осуществления этого, посылал для науки русскую молодежь в иноземные страны (любопытно, что никто из посланных не пожелал потом вернуться домой). Пользуясь техническими познаниями своих иноземных слуг, Борис образовал у себя из немцев отряд войска на иноземный лад; он начал также обширные каменные постройки в Московском Кремле, из которых была при нем окончена и уцелела до наших дней знаменитая колокольня «Иван Великий». Словом, при Годунове обнаружилось явное тяготение московского правительства к сближению с просвещенным Западом, к усвоению европейского знания.
Начиная с 1601 г. в Московском государстве, подряд три лета, были неурожаи, и настал страшный голод. Люди умирали на улицах и дорогах и ели друг друга. Борис устроил раздачу хлеба из казны голодным и начал в Москве большие постройки, чтобы дать им заработок. Конечно, он не мог накормить всех голодных, и народ, не имевший пищи, бросал свои дома и хозяйство и разбегался. Образовались большие разбойничьи шайки, которые силою добывали себе пропитание и грабили богатых бояр и купцов, державших взаперти свои обильные запасы хлеба. Голод и разбои, по словам современников, были «началом беды» для Руси. И, конечно, не вина Бориса, что его царство посетили такие несчастья, с которыми бороться не хватало человеческих сил. Как увидим дальше, за первою бедою, голодом, явилась другая: началось народное восстание в пользу самозваного царевича Дмитрия, в борьбе с которым и скончался Борис Годунов (1605).
