Зростання чисельності козацтва викликало занепокоєння серед правлячих кіл Польщі й Литви, що розглядали його як дестабілізаційний фактор внутрішнього життя й водночас побоювалися, що козацькі походи на татар і турків спровокують загострення зовнішньополітичних відносин. Для приборкання непокірної козацької вольниці, було вирішено взяти частину козаків на державну службу та надати їм певні привілеї. Таким чином уряд планував, з одного боку, зміцнити свої збройні сили на українсько-татарському прикордонні, а з іншого — розколоти козацький рух, протиставивши офіційно визнану частину решті козацтва. В 1572 р. за наказом короля 300 козаків було прийнято на державну службу і записано в окремий реєстр (список), від чого вони й отримали назву реєстрових козаків. Так було покладено початок реєстровому козацькому війську, основними завданнями якого були охорона кордонів та контроль за нереєстровим козацтвом. Реєстровці звільнялися від будь-яких податків і поборів, одержували землю на правах рангового володіння, військово-адміністративну незалежність від місцевого керівництва, судовий імунітет, що полягав у принципі "де три козаки, там два третього судять". Вони підлягали владі й судові лише власної козацької старшини, отримали військові клейноди, їм передавалось у володіння м. Трахтемирів на Київщині разом зі старовинним Зарубським монастирем. Там мали розміститися арсенал та шпиталь. І хоча ці привілеї, власне, поширювалися тільки на реєстровців, на практиці на них претендували всі, хто вважав себе козаком. Так абстрактна ідея козацької "воль-пості" набула конкретного змісту та офіційного визнання. У 1625 р. уряд офіційно затвердив військово-адміністративний устрій реєстрового війська, за яким воно поділялося на 6 полків по 1000 осіб у кожному. Очолював реєстрове військо та судову владу в ньому "старший", або гетьман, якого спочатку призначав король, а згодом обирали самі козаки. Становище реєстрового війська ускладнювалося тим, що, з одного боку, воно мусило коритися уряду й виконувати його накази, а з іншого — не могло стояти осторонь тих проблем, які стосувалися всієї України. Як показало майбутнє, переважили національні інтереси. Мрії поляків про розкол і міжусобиці козаків, за великим рахунком, не збулися: у вирішальні моменти реєстровці виступали спільно з нереєстровим козацтвом та іншими верствами українського народу проти соціального та національно-релігійного гноблення.
Значною мірою козацькі успіхи були пов'язані з талановитим керівництвом гетьмана Петра Cагайдачного (бл. 1570—1622), який, за підрахунками дослідників, провів 60 боїв на суходолі та на морі й жодного не програв. З ним на чолі козацтво остаточно перетворилося на окремий стан, а його збройні сили були реформовані з, по суті, партизанських загонів у регулярну дисципліновану армію. У політичній діяльності головною заслугою Сагайдачного було те, що він зумів поєднати інтереси трьох най діяльніших частин українського суспільства — козацтва, культурно-освітньої верстви та духовенства. У результаті активізувалося як козацтво, котре поступово виходить за межі своїх вузько станових інтересів та долучається до загальнонаціональних справ, такі міщансько-духовна інтелігенція, яка, відчувши підтримку Війська Запорізького, почала сміливіше та енергійніше реалізовувати свої плани. В усій красі полководницький талант П. Сагайдачного виявився і під час Хотинської війни. Навесні 1621 р. 160-тисячна турецька армія під проводом самого султана при 260 гарматах, а також 60 тис. татар вирушили, щоб розгромити Річ Посполиту. Через нечисленність польського війська, яке становило трохи більше 30 тис. осіб при 38 гарматах, королівський уряд звернувся за допомогою до козаків, обіцяючи розширення їхніх прав і привілеїв. Оскільки турецько-татарська навала загрожувала поневоленням і українському народові, Козацька рада ухвалила надати допомогу в боротьбі проти "бусурманів". 40 тис. козаків рушило назустріч ворогові. А для того, щоб розпорошити сили турків, ще 10 тис. запорожців відправили на Чорне море для активізації там воєнних дій. Центральним пунктом бойових дій стала фортеця м. Хотина, - куди 1 вересня прибуло козацьке військо. Наступного дня сюди підійшли турки й татари, які відразу вдарили по позиціях козаків, сподіваючись, що ті ще не встигли як слід укріпитися, проте зазнали великих втрат і змушені були відступити. Надалі турецька армія практично безперервно протягом місяця здійснювала атаки на козацький табір, небезпідставно вважаючи, що розбивши його, легко впорається з поляками. Але, втративши бл. 80 тис. осіб, так і не змогла взяти фортеці. 9 жовтня було укладено Хотинський мир, сприятливий для поляків: 1) кордон Польщі з Туреччиною встановлювався по Дністру; 2) турки й татари зобов'язувалися не чинити грабіжницьких походів на територію Речі Посполитої; 3) польський уряд погодився-заборонити козацькі експедиції проти Криму і Туреччини. Парадоксально, але факт: козацтво, яке своєю самопожертвою не тільки врятувало від розгрому Річ Посполиту, а й розвіяло міф про непереможність Туреччини та, значно послабивши останню, примусило її відмовитися від планів завоювання Європи, не отримало від своєї перемоги жодних здобутків. Польща не виконала навіть скромних козацьких вимог щодо виплати сталої платні, забезпечення воєнних інвалідів, виведення коронного війська з Київського воєводства тощо, не кажучи вже про заборону виходити в Чорне море. Підступність польського уряду, а також зазнане на початку війни поранення прискорили смерть П. Сагайдачного, який помер 10 квітня 1622 р., заповівши перед тим усе своє майно українським братствам Києва і Львова. Після смерті гетьмана Сагайдачного зміцнене ним військо продовжило його справу. Походи на Туреччину та Крим здійснювалися майже кожного року, а то й по кілька разів на рік.
