Важливими центрами наукової та культурно-освітньої роботи в Україні були Харківський і Київський університети, які до середини XIX ст. підготували понад 4, 5 тис. фахівців з різних галузей знань.
У Харківському університеті склалася славнозвісна математична школа на чолі з відомими вченими, професорами Т. Осиповським і М. Остроградським. Перший з них був автором тритомного "Курсу математики" — одного з найкращих на той час посібників для студентів у цій галузі, а М. Остроградський зробив вагомий внесок у розробку проблем математичного аналізу. Перший ректор цього університету І. Рижський плідно працював у галузі української культури і філософської думки. Професор політекономії, статистики і слов'янознавства І. Срезнєвський, один із засновників харківського гуртка поетів-романтиків, давав у своїх працях гідну відсіч реакційним твердженням з історії Київської Русі натхненника "москвофілів" М. Погодіна, який, зокрема, намагався довести, що українського народу не існує.
Значний внесок у розвиток української історичної думки й народознавства зробили вчені Київського університету. Перший його ректор М. Максимович написав понад 100 праць з археології, етнографії, ботаніки, історії та філософії. 1834 р. він створив Тимчасову комісію для розгляду давніх актів. На основі зібраних нею документів було засновано 1852 р. Київський центральний архів постанов, що став джерельною базою для вивчення української історії.
