Коменський запровадив поняття навчального року з поділом його на 4 чверті і канікули між ними. Педагог вимагав, щоб прийом учнів до школи відбувався один раз на рік – восени. У кінці навчального року ввів перевідні екзамени. Крім цього запровадив різні види контролю й перевірки успішності учнів у навчанні: поурочна, щодення, щотижнева, четвертна.
Коменський дав ряд вказівок про організацію навчального дня у школі. Навчальний день повинен починатися вранці і тривати у школі рідної мови 4 години (2 години зранку для розвитку розуму і пам’яті та 2 години після обіду для розвитку рук і голосу), а в гімназії – 6 годин.
Спираючись на досвід навчання, побудованого за урочною системою (школи чеських братів, братські школи України і Білорусії ХVІ-ХVІІ ст.), а також на власну практику, Коменський вперше дав теоретичне обґрунтування к.у.с. навчання. Він піддав різкій критиці пануючий в його час шкільний режим взагалі та індивідуально-групову форму організації занять особливо. За старою системою учитель працював індивідуально з кожним учнем, а це значно обмежувало його можливості. Він міг займатися одночасно з 7-8 школярами, які ще й до того ж вивчали одночасно різний матеріал.
Одна з найбільших заслуг Коменського — розробка найважливіших питань класно-урочної системи навчання і обґрунтування уроку як форми організації навчання в школі.
Необхідними умовами правильної організації навчальної роботи Коменський вважав: 1) клас з незмінним складом учнів і приблизно однаковим рівнем розвитку; 2) твердо визначений час занять; 3) послідовне чергування занять і перерв; 4) одночасну роботу учителя з усім класом.
Ним було запропоновано створювати у школах для навчання класи – групи з незмінним і стабільним складом учнів приблизно однакового рівня розвитку. Це давало можливість учителю вести колективну роботу одночасно з усіма учнями, а всі учні на занятті займалися одночасно одним і тим же.
Прагнучи охопити навчанням якомога більшу кількість дітей, Коменський допускав до 300 учнів у одному класі. При цьому клас пропонувалось ділити на десятки, і з кожним десятком учителю допомагали працювати декуріони – кращі учні, що ставились на чолі кожного десятку. В обов’язки декуріонів входило: слідкувати за відвідуванням, перевіряти домашні завдання, допомагати відстаючим, слідкувати за увагою учнів під час занять.
Коменський запропонував проводити шкільні заняття у твердо визначений час. У всіх класах вони повинні починатися одночасно. Ввів уроки, які чергувались з перервами. Тривалість одного уроку визначалась в 1 годину. Кожна година, на його думку, повинна бути частиною того часу, що виділений для вивчення предмета. Кожна година повинна мати своє конкретне завдання.
На кожному уроці треба виділяти час для опитування учнів, для пояснення нового матеріалу і для вправ по закріпленню вивченого. Кожний урок повинен мати строго визначену тему і головне завдання.
До хиб у висловлюваннях Коменського відносно організації навчальної роботи треба віднести його припущення, що одного вчителя досить для якого завгодно числа учнів. В інших місцях своїх творів він висловлюється конкретніше, вважаючи, що один учитель зможе навчати 300 учнів. У цьому позначився певний механіцизм Коменського, надмірна віра в силу «єдиного методу».
