Зневірившись у своїй силі об'єднати Україну, Ю. Хмельницький у січні 1663 р. зрікся булави та постригся в ченці. За згодою польського короля на раді в Чигирині гетьманом Правобережної України було обрано Павла Тетерю (1663— 1665). Він походив із реєстрового козацтва, був переяславським полковником. Брав активну участь у підготовці Березневих статей 1654 p., Гадяцької угоди 1658 р. та Слободищенського трактату 1660 р. Довгий час перебував у Варшаві, де користувався підтримкою короля Яна II Казимира. Був одружений з дочкою Б. Хмельницького.
На Лівобережній Україні на гетьманську булаву претендували наказний гетьман Я. Сомко та В. Золотаренко. Несподівано в боротьбу за владу втрутилося Запорожжя, яке висунуло претендентом на гетьманство свого кошового отамана Івана Брюховецького. Вмілий оратор, він мав великий вплив на бідне козацтво, яке привабив демагогічними обіцянками покарання старшини та збагачення.
У червні 1663 р. на Загальній Чорній раді (у ній брали участь не тільки козаки, а й селяни й міщани) під Ніжином саме за допомогою рядових запорожців гетьманом було обрано І. Брюховецького (1663—1668). Майбутній гетьман з 1648 р. займався вихованням гетьманича Юрія Хмельницького, виконував дипломатичні доручення, три роки був кошовим отаманом Запорозької Січі. Його кандидатуру підтримала Москва. Суперники І. Брюховецького Сомко та Золотаренко були ув'язнені та страчені.
Фактичним розколом України на дві частини — Правобережжя та Лівобережжя — закінчився другий етап Української національної революції. На хід подій у Правобережжі намагалася впливати Річ Посполита, а Лівобережжя знаходилося під контролем Московської держави. Громадянська війна продовжилася з новою силою, починався третій етап революції — боротьба за об'єднання Української держави.
Правобережний гетьман П. Тетеря, спираючись на підтримку Речі Посполитої, намагався схилити лівобережну старшину на свій бік та об'єднати під своєю владою українські землі. З цією метою у жовтні 1663 — березні 1664 pp. козацько-польсько-татарська армія (бл. 45 тис. осіб) здійснила похід на Лівобережжя. Але війська Г. Ромодановського та гетьмана І. Брюховецького відбили наступ П. Тетері. Одночасно запорожці на чолі з І. Сірком напали на татар, які в той час були союзниками поляків, а потім розгорнули наступ на резиденцію правобережного гетьмана, чим відтягай на себе значні воєнні сили.
Взагалі після смерті Б. Хмельницького Запорозька Січ почала відігравати значну, але часто деструктивну роль у політичному житті України. Саме тут зосереджувалися опозиційні гетьманам та старшині сили. Крім того, у політиці Запорожжя була відсутня тверда орієнтація на певного союзника.
Протягом 1664—1665 pp. Тетеря намагався придушити народне повстання проти польського панування, вів боротьбу зі своїми противниками, та врешті-решт змушений був виїхати до Польщі. На Правобережжі розпочалася боротьба за гетьманську булаву, в якій переміг черкаський полковник Петро Дорошенко.
Лівобережний гетьман І. Брюховецький спочатку провадив промосковську політику. Після обрання гетьманом він уклав у Батурині (тепер Черкаська область) договір (статті) з Московською державою. Батуринські статті підтверджували Березневі статті 1654 р. та містили додаткові пункти, за якими гетьманська адміністрація повинна була забезпечувати безоплатно продуктами харчування московські війська в Україні, повернути московським поміщикам селян-втікачів, українським купцям заборонялося вивезення та продаж горілки і тютюну в Московську державу. У 1665 р. Батуринські статті були замінені Московськими статтями.
І. Брюховецький першим з українських гетьманів у вересні — жовтні 1665 р. здійснив поїздку на поклон до царя у Москву, де йому було надано титул боярина. У грудні цього ж року гетьман підписав договір з Московським урядом — Московські статті. За ними:
• українські міста і землі переходили під безпосередню владу московського царя;
• вибори гетьмана мали відбуватися лише з дозволу царя і в присутності московських послів, а обраний гетьман повинен був їхати в Москву для отримання гетьманських клейнодів;
• гетьманському уряду заборонялося вступати в дипломатичні стосунки з іноземними державами
• збільшувалася кількість московських військ в Україні (військові гарнізони крім Києва, Чернігова, Переяслава і Ніжина розташовувалися у Полтаві, Кременчуці, Батурині, Глухові, Новгород-Сіверському, Каневі і у фортеці Кодак);
• збирання податків з українського населення (за винятком козаків) покладалося на московських воєвод;
• гетьман позбавлявся права надавати містам самоврядування;
• українська православна Церква переходила у підпорядкування московського патріархату.
Московські статті 1665 р. обмежили політичні права України, посилили її військово-адміністративну і фінансову залежність від Московської держави.
Ще одного удару по інтересам України було завдано на початку 1667 р. Річ Посполита та Московська держава (як це було і за Віденським перемир'ям 1656 p.), за спиною України уклали у с. Андрусово (поблизу Смоленська) перемир'я на 13,5 років (до середини 1680 p.). Воно завершило російсько-польську війну за Україну, яка тривала з 1654 р. Польща визнавала входження Лівобережної України до складу Московської держави, а Правобережна Україна залишалася за Річчю Посполитою. Московія повертала собі Сіверську землю (з Черніговом і Стародубом) та Смоленськ. Київ на 2,5 року передавався Московській державі, а потім мав відійти до Польщі. Запорозька Січ переходила під спільне управління Речі Посполитої та Московії. Тож відбувся поділ України на дві частини.
Через 10 років після смерті Б. Хмельницького Андрусівське перемир'я фактично перекреслило багаторічну боротьбу українського народу за власну державу, мрії про возз'єднання всіх українських земель. Московська держава остаточно відмовилася від свого зобов'язання за Березневими статтями 1654 р. допомагати Україні в боротьбі з Річчю Посполитою.
Московські статті 1665 p., розміщення царських військ в Україні, проведення майнового перепису населення у 1666 р. з метою визначення розмірів оподаткування, умови Андрусівського перемир'я викликали обурення всіх верств українського суспільства. Воно було скероване і проти І. Брюховецького та його старшинського оточення, яке проводило відверто промосковську політику.
У 1667—1668 pp. на Лівобережній Україні відбулися масові народні виступи, які переросли у повстання. За цих умов І. Брюховецький переорієнтував свою політику, вирішивши очолити народний рух. У січні 1668 р. на старшинській раді в Гадячі він висловився за ліквідацію московської влади в Україні. Проти І. Брюховецького царський уряд послав війська на чолі з Г. Ромодановським. Одночасно гетьман вступив у переговори з П. Дорошенком.
Після П. Тетері гетьманом Правобережної України став П. Дорошенко (1665—1676), онук гетьмана Михайла Дорошенка (1623—1628). Військову та дипломатичну школу майбутній гетьман пройшов у Б. Хмельницького, після смерті якого підтримав І. Виговського, а згодом Ю. Хмельницького та П. Тетерю.
Глибока криза української державності викликала наміри у патріотичних сил, до яких належав і П. Дорошенко, зупинити руйнівні процеси, об'єднати українські землі та відновити їх незалежність. Але в умовах розколу країни після Андрусівського перемир'я Речі Посполитої та Московської держави 1667 р., П. Дорошенку весь час доводилося міняти союзників у зовнішній політиці. Переговори гетьмана з царським урядом ОлексіяМихайловича про повернення прав і вольностей Війська Запорозького, возз'єднання всіх українських земель не мали успіху. Гетьман порвав з Річчю Посполитою та шукав підтримки у Кримського ханства та Туреччини.
У жовтні 1667 р. П. Дорошенко з татарами здійснив похід у Галичину, де обложив польську армію. Але союз гетьмана з татарами не знайшов підтримки у запорожців. Вони під проводом кошового отамана І. Сірка напали на Крим, зірвавши спільні дії П. Дорошенка і татар проти поляків. Запорожці вкотре виступили як деструктивна сила, заважаючи П. Дорошенку в його спробах об'єднати Україну. Гетьман змушений був знову прийняти підданство Польщі.
Антимосковське повстання на Лівобережній Україні, яке очолив І. Брюховецький, давало надію на порозуміння між обома гетьманами. У червні 1668 р. правобережні полки вступили на Лівобережжя з метою об'єднання з військами І. Брюховецького, які стояли під Опошнею (тепер Полтавська область). Але козаки, які підтримували правобережного гетьмана, виступили проти І. Брюховецького, вбили його та проголосили на козацькій раді гетьманом всієї України П. Дорошенка. Гетьманування Дорошенка на Лівобережній Україні тривало недовго. В умовах, коли він змушений був вести боротьбу на два фронти — проти Московії та Польщі, ворожу йому позицію зайняло Запорожжя, обравши гетьманом П. Суховія, підтриманого кримським ханом. Загроза владі гетьмана обох боків Дніпра виникла і з боку уманського полковника М. Ханенка, обраного козаками деяких полків гетьманом Правобережної України. Крім того, на Лівобережжя у вересні 1668 р. почався наступ московських військ, а на Брацлавщину — польських. Усе це змусило П. Дорошенка покинути Гетьманщину. Він призначив після себе наказним гетьманом Лівобережної України чернігівського полковника Д. Многогрішного, якого в умовах присутності московських військ у березні 1669 р. на Генеральній військовій раді у Глухові було обрано гетьманом.
Отже, у 1669 р. в Україні одночасно було три гетьмани — Д. Многогрішний, П. Дорошенко і М. Ханенко.
