Після смерті Б. Хмельницького гетьманом, згідно з його заповітом (ще за життя гетьмана полковники принесли в цьому присягу), мав стати молодший син Юрій. Але він був надто молодий і недосвідчений для цієї посади. Полковники обирають на своїй раді гетьманом генерального писаря Івана Виговського (1657-1659), якого пізніше затверджують на козачій раді.
На початку 1658 р. Виговський дає польському королеві Яну Казимирові згоду на визнання суверенітету.
Обурена козацька старшина під керівництвом кошового Я Барабаша та полтавського полковника М.Пушкаря збирає військо і фактично розпочинає громадянську війну. Гетьман розгромив повстання і жорстоко покарав його учасників. У вересні 1658 р. переговори з Польщею були продовжені, і 16 вересня підписується Ґадяцький трактат, згідно з яким Україна як «Руське князівство» входила до Речі Посполитої на правах формально рівного суб'єкта федерації. Урівнювалися права католицької та православної церков, а в одному з варіантів угоди мова навіть йшла про ліквідацію унії.
Пропольська орієнтація Виговського не знайшла підтримки серед українського народу. А запорожці відкрито готувалися до виступу. В цей час війну проти гетьмана починає Росія. За допомогою кримських татар Виговський у липні 1659 р. розгромив російські війська під Конотопом. Але скористатися перемогою гетьман не зміг, оскільки проти нього піднімається ще одне повстання - під проводом І.Богуна та І.Сірка. Підтримані російськими військами, повсталі завдають поразки Виговському, і той змушений тікати до Польщі.
Обираючи новим гетьманом 18-річного Юрка Хмельницького (1659-1662), старшина сподівалася, що авторитет роду Хмельницьких допоможе знову об'єднати народ, зупинити негативні тенденції, які розвивалися в українському суспільстві. Уже з самого початку перед новообраним гетьманом постала гостра проблема подальшого зовнішньополітичного курсу. Ситуація складалася таким чином, що Українська держава фактично опинилася між двома вогнями: Московщиною, з одного боку, та Річчю Посполитою - з другого. Будь-які різкі рухи українського уряду в даному випадку могли мати непередбачувані наслідки. Тому було вирішено діяти обачливо, використовуючи суперечності між згаданими державами.
27 жовтня 1659 р. молодий Хмельницький під тиском 40-тисячного московського війська на чолі з Трубецьким змушений був погодитися на ухвалення нового Переяславського договору, Він складався з підроблених московським урядом умов договору 1654 р. та додаткових статей, які фактично визнавали статус украй обмеженої автономії України у складі Росії. Заборонялись обрання гетьмана без дозволу царя, зовнішні стосунки. Московські воєводи сіли в Києві, Переяславі, Ніжині. Чернігові, Брацлаві, Умані. Київська православна митрополія підпорядковувалася Московському патріархатові.
П. Дорошенко зробив останню спробу обєднати Україну і навіть був проголошений гетьманом обєднаної козацької України. Але вже 1676 року він зрікся влади.