Зміни відбуваються і в релігійному житті України. 26 січня 1990 р. синод представників греко-католицької церкви проголосив легалізацію Української греко-католицької церкви. Вперше після 1946 р. близько 1 500 західноукраїнських парафій знов стали греко-католицькими.
У червні 1990 р. було проголошено про відновлення Української автокефальної православної церкви, забороненої радянською владою в тридцятих роках. Патріархом УАПЦ було обрано митрополита Мстислава (Скрипника), який очолював УАПЦ у США. Вона відразу перетворюється на помітний фактор духовного життя суспільства.
Віруючі, відчуваючи реальне право на свободу віросповідання, стали вимагати відкриття храмів. У багатьох випадках навіть без офіційних дозволів органів влади відновлювали культові споруди. Вперше за роки радянської влади віруючі самі стали споруджувати нові храми.
Верховна Рада України 23 квітня 1991 р. прийняла закон про свободу совісті та релігійні об'єднання. Держава зобов'язалася подолати негативні наслідки попередньої політики щодо релігії, церкви та віруючих. Закон закріпив політико-правові умови здійснення свободи совісті, передбачив невтручання церкви у справи держави, а державних органів – у справи церкви. Закон забезпечив право людини вільно обирати світогляд, можливість пропагувати свої релігійні погляди та діяти у відповідності з ними.
На червень 1999 р. релігійним організаціям держава повернула вже 3,3 тис. культових споруд, понад 8 тис. предметів церковного вжитку.
Хоч закон і проголосив відокремлення церкви від держави, однак втручання державних структур в релігійні справи не припинилося.
В Україні розгорілися міжконфесійні конфлікти. Після серпневих подій 1991 р. українські урядові чиновники основну увагу приділяли найчисленнішій церкві – Українській православній церкві (УПЦ), яка підпорядковувалася Московському патріарху. При цьому ставилося за мету допомогти їй стати на шлях автокефалії (незалежності).
У листопаді 1991 р. в Києві відбувся собор єпископів України, який звернувся до Московського патріарха з проханням надати автокефалію УПЦ. З проханням надати УПЦ повну канонічну самостійність звернувся до Московського патріарха також Президент України Л. Кравчук.
Але Московський патріархат на чолі з Олексієм ІІ категорично відхилив прохання українського собору та представників української влади. Більше того, він позбавив митрополита Київської православної церкви Філарета сану і скликав у Харкові собор єпископів УПЦ. Замість Філарета Київським митрополитом обрано митрополита Ростовського та Новочеркаського Володимира (Сабодана).
Московський патріархат, спираючись на частину українського єпископату, на тому етапі перекреслив надії на досягнення автокефалії Українською православною церквою.
Харківський собор став черговим кроком, спрямованим на поглиблення розколу православ'я.
Слідом за тим Україною прокотилася хвиля захоплення храмів, монастирів прибічниками протилежних конфесій. Такі дії нерідко супроводжувалися конфліктами.
З приводу рішень Харківського собору зі спеціальною заявою виступила Рада у справах релігії при Кабінеті Міністрів України. У заяві зазначалося, що скликання за вказівкою Московської патріархії Харківського собору є порушенням рішень архієрейського собору Російської православної церкви (РПЦ) від 25-27 жовтня 1990 р. про дарування УПЦ самостійності.
У червні 1992 р. в Києві при підтримці керівництва України відбувся собор, де прихильники митрополита Філарета об'єдналися з Українською автокефальною православною церквою, утворившиУкраїнську православну церкву – Київський патріархат (УПЦ КП). Її патріархом було обрано Мстислава (Скрипника).
Однак досягнути єдності у православ'ї так і не вдалося. Собор УАПЦ своїм патріархом обирає Дмитрія (в миру Ярема). У свою чергу УПЦ КП в жовтні 1993 р. патріархом церкви обирає колишнього українського правозахисника Володимира (Романюка). У липні 1995 р. патріарх Володимир пішов із життя. Його похорон у Києві переріс у справжню трагедію. Під час самовільною поховання патріарха біля брами дзвіниці Св. Софії дійшло до сутички з охоронцями громадського порядку. Офіційним керівником УПЦ КП став місцеблюститель, патріаршого престолу митрополит Філарет.
На початок 1999 р. в Україні діяли: Українська православна церква (Московський патріархат),Українська православна церква (Київський патріархат, Українська автокефальна православна церква, Українська греко-католицька церква, Римсько-католицька церква.
На початок 1996 р. налічувалося загалом 70 конфесій, течій і спрямувань, із яких близько 30 виникли в умовах незалежної держави. Вони об'єднують понад 17 тис. релігійних Громад. Серед них – Шведська євангелічно-лютеранська, Вірмено-католицька церква, Церква Христова, Рідна українська національна віра та ін.
В Україні багато й інших конфесій, зокрема сектантських, чисельність яких істотно зросла. Поруч з тими, що існують на легальній основі, є й такі, що діють без реєстрації в органах державної влади, знаходяться на нелегальному положенні. Це, зокрема, сатаністи, Біле братство, сектантське об'єднання Муна тощо.
До міжконфесійної терпимості закликала декларація про громадську злагоду в Україні, яку підписали в липні 1997 р. представники всіх основних релігійних конфесій та етнокультурних утворень, що мешкають в Україні. Вони закликають усі політичні сили суспільства облишити таємні звинувачення, непорозуміння і працювати на благо і процвітання українського народу.
