Він послідовно проводив централізаторську політику обмеження політичної автономії Лівобережної і Слобідської України, зменшуючи козацькі вольності. Зокрема, після смерті Івана Скоропадського козакам було заборонено обирати нового гетьмана, а наказний гетьман Павло Полуботок був усунутий.
Руйнування Батурина
Після укладення гетьманом І. Мазепою угоди зі Швецією (1706) та шведсько-української поразки у Полтавській битві 1709 за наказом Петра І була зруйнована гетьманська столиця Батурин, а його жителі винищені. За різними оцінками, було вбито понад 14 тисяч жителів Батурина разом із жінками та дітьми. Саме місто після розорення було вщент спалене й зруйноване, включно із церквами, яких у 20-тисячному місті було аж 40, та монастирем. Понад 30 тисяч явних і неявних прихильників Мазепи було посаджено на палю, колесовано, четвертовано, повішено чи страчено іншим чином. Для залякування населення трупи невинно вбитих сплавляли на плотах.
Зменшення освітньої ролі Києво-Могилянської академії[
У 1709 році цар Петро І наказав скоротити число студентів Києво-Могилянської академії із двох тисяч до 161-го, а кращим науково-просвітницьким силам звелів перебратися з Києва до Москви. Зокрема, це Інокентій Гізель[Джерело?] (1600–1683), Іоанникій Галятовський[Джерело?] (1620–1688), Лазар Баранович[Джерело?] (1616–1693), Дмитро Туптало, Стефан Яворський, Феофан Прокопович, Симеон Полоцький [Джерело?] (1629–1680). Саме вони відіграли визначальну роль у культурному розвитку тодішньої Московії.
Ліквідація гетьманства
Влада гетьмана була обмежена, а після смерті І. Скоропадського (1722) Петро І не дозволив обрати його наступника. Контроль над державними справами України перейшов у руки Малоросійської колегії (1722), чим фактично було покладено край державній системі управління України. Спроба наказного гетьмана П. Полуботкавідстояти українську автономію привела до нових репресій: гетьман і вища старшина були кинуті до Петропавловської фортеці, де П. Полуботок помер (1724).
Пам’ять поколінь[
За Петра І десятки тисяч українських козаків і селян, посланих на будівництво фортець, каналів тощо, загинули від непосильної праці, хвороб і голоду. 104 верстиЛадозького каналу були густо встелені трупами кільканадцяти тисяч українських козаків. «Вікно в Європу» — місто Санкт-Петербург зводилося на кістках тисяч українців.
Тарас Шевченко про нього писав: «це той перший, що розпинав нашу Україну».
