Зміни відбуваються й у релігійному житті України. 26 січня 1990 р. синод представників греко-католицької церкви проголосив легалізацію Української греко-католицької церкви. У червні 1990 р. було проголошено про відновлення Української автокефальної православної церкви, забороненої радянською владою у тридцятих роках. Віруючі, відчуваючи реальне право на свободу віросповідання, стали вимагати відкриття храмів. Верховна Рада України 23 квітня 1991 р. прийняла Закон про свободу совісті та релігійні обєднання. Закон закріпив політико-правові умови здійснення свободи совісті, передбачив невтручання церкви у справи держави, а державних органів — у справи церкви. На червень 1999 р. релігійним організаціям держава повернула вже 3,3 тис, культових споруд, понад 8 тис, предметів церковного вжитку. Хоч закон і проголосив відокремлення церкви від держави, однак втручання державних структур у релігійні справи не припинилось. В Україні розгорілися міжконфесійні конфлікти. Після серпневих подій 1991 р. українські урядові чиновники основну увагу приділяли найчисленнішій Українській православній церкві УПЦ, підпорядкованій Московському патріархату. При цьому ставилося за мету допомогти їй стати на шлях автокефалії незалежності. Але Московський патріархат на чолі з Олексієм IIкатегорично відхилив прохання українського собору та представників української влади. Більше того, він позбавив митрополита Київської православної церкви Філарета сану й скликав у Харкові собор єпископів УПЦ. Замість Філарета Київським митрополитом обрано митрополита Ростовського та Новочеркаського Володимира Сабодана. Харківський собор став черговим кроком, спрямованим на поглиблення розколу православя. Слідом за тим Україною прокотилася хвиля захоплення храмів і монастирів прибічниками протилежних конфесій. Такі дії нерідко супроводжувалися конфліктами. У червні 1992 р. в Києві при підтримці керівництва України відбувся собор, де прихильники митрополита Філарета обєдналися з Українською автокефальною православною церквою, утворивши Українську православну церкву — Київський патріархат УПЦ — КП. Однак досягнути єдності у православї так і не вдалося. УПЦ-КП у жовтні 1993 р. патріархом церкви обирає колишнього українського правозахисника Володимира Романюка. У липні 1995 р. патріарх Володимир пішов з життя. Його похорон у Києві переріс у справжню трагедію. Під час самовільного поховання патріарха біля брами дзвіниці Св. Софії дійшло до сутички з охоронцями громадського порядку. Офіційним керівником УПЦ-КП став місцеблюститель патріаршого престолу митрополит Філарет.
На початок 2001 р. в Україні діяли: Українська православна церква Московський патріархат, Українська православна церква Київський патріархат, Українська автокефальна православна церква, Українська греко-католицька церква, римсько-католицька церква. На початок 1996 р. налічувалось загалом 70 конфесій, течій і спрямувань, з яких близько 30 виникли в умовах незалежності держави. Вони обєднують понад 17 тисяч релігійних громад. В Україні багато й інших конфесій, зокрема сектантських, чисельність яких істотно зросла. Поруч з тими, що існують на легальній основі, є й такі, що діють без реєстрації в органах державної влади, знаходяться на нелегальному положенні. До міжконфесійної терпимості закликала Декларація про громадську злагоду в Україні, підписана у липні 1997 р. представниками всіх основних релігійних конфесій та етнокультурних товариств, що мешкають в Україні. Вони закликають усі політичні сили суспільства облишити взаємні звинувачення, непорозуміння й працювати на благо та процвітання українського народу.
