Наиболее востребованными являются такие направления организации государственного финансового контроля, осуществляемого таможенной службой при выполнении функции администратора доходов бюджета, как контроль таможенной стоимости, управление рисками, таможенный контроль после выпуска товаров.
Контроль таможенной стоимости в технологической схеме таможенного контроля товаров занимает центральное место. Правильное определение таможенной стоимости и ее принятие является точкой отсчета, после которой осуществляются другие виды контроля: валютный, таможенных платежей, статистический, досмотр товаров. Занижение таможенной стоимости является одним из самых значимых правонарушений с точки зрения обеспечения финансовой безопасности государства.