В управлении таможенными органами как способ достижения основных целей и задач функционирования всей таможенной системы используется весь спектр методов управления.
Наиболее часто в управлении применяются общие и локальные методы. Общие - направлены на решение главным образом задач перспективного, стратегического развития таможенной службы, а локальные - используются преимущественно в системах текущего оперативного управления.
В зависимости от форм воздействия в таможенной системе применяются методы прямого и косвенного воздействия.
Методы прямого воздействия опираются на волю и авторитет государства. К ним относятся организационно-распорядительные и правовые методы.
К методам косвенного воздействия относятся социально-психологические, экономические и экономико-математические методы.
Правовые методы представляют собой совокупность юридических средств и способов воздействия на элементы социально-экономической системы и отношения между ними в процессе управления. К правовым методам относятся: правовые нормы, правовые отношения, правовые акты.
Правовые нормы устанавливают место всех таможенных органов в таможенной системе и методы руководства ими, определяют характер и содержание отношений, в которые они вступают с другими организациями. Таможенные правоотношения - это регулируемые нормами таможенного законодательства общественные отношения, возникающие в процессе или по поводу перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу РФ.
Выделяются две группы таможенных правоотношений - первичные и вторичные.
Первичные непосредственно связаны с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу.
Вторичные таможенные правоотношения - это отношения по уплате таможенных платежей, по которым предоставлена отсрочка или рассрочка; отношения по переоформлению товаров, хранящихся на таможенных складах, в связи с ликвидацией склада и др.
Деятельность управленческого аппарата таможенных органов регламентируется правовыми актами трудового, гражданского и некоторых других законодательств.
В процессе реализации в таможенных органах таких функций управления, как организация и регулирование, - с помощью организационно-распорядительных (административных) методов формируются организационные отношения, которые включают такие аспекты деятельности сотрудников и коллективов, как долг, полномочия, ответственность, дисциплинарные требования и др.
Особенности организационно-распорядительных методов в таможенных органах, как военизированных и правоохранительных, состоят в том, что они выражают прямое директивное воздействие на систему в целом или на ее элементы в отдельности; дают возможность руководителю таможенного органа принимать однозначное решение.
В таможенных органах применяются три группы организационно- распорядительных методов: организационные, распорядительные и дисциплинарные. Ведущее место отводится методам организационного воздействия. Они представляют собой долговременное закрепление организационных связей в системе, служащее основой ее управления, и включают: регламентирование, нормирование и инструктирование.