Техническое обеспечение ЕАИС строится по иерархическому принципу.
На верхнем уровне системы таможенных органов России находится ГНИВЦ. Комплекс его технических средств включает центральные ЭВМ и интеллектуальные терминалы, объединенные в единую вычислительную сеть, а также локальные вычислительные сети (ЛВС) некоторых функциональных управлений ФТС России и техническую ЛВС ГНИВЦ.
Оснащение таможенных органов средствами вычислительной техники, периферийным оборудованием, средствами передачи данных, общесистемным программным обеспечением ведётся в соответствии с «Общими техническими требованиями к комплексу средств автоматизации таможенных органов Российской Федерации». Требования разрабатываются с целью обеспечить единую техническую политику по оснащению таможенных органов информационно-техническими средствами и утверждаются соответствующим приказом руководителя ФТС России. Требования ориентированы на применение в течении 1-2 лет и периодически обновляются с учетом развития таможенных технологий, технических средств и программного обеспечения.
Документом определены требования не только к серверам, станциям и периферийным устройствам, но и к кабельным системам и сетевым устройствам вычислительной сети, системе телекоммуникаций, средствам защиты информации, документации и др.
Для средств вычислительной техники должно быть представлено документальное подтверждение производителя или уполномоченной им организации о совместимости аппаратного обеспечения с установленными операционными системами.
Производство серверов и рабочих станций должно быть сертифицировано по стандартам ISO-9001, иметь сертификат соответствия и гигиеническое заключение санитарно-эпидемиологического надзора РФ.
В 2012 году проведено оснащение таможенных органов следующими техническими средствами таможенного контроля (далее - ТСТК): переносными и стационарными техническими средствами контроля за делящимися и радиоактивными материалами - 751 единица, различными досмотровыми средствами, средствами поиска и идентификации - 473 единицы.
Проведены работы по техническому обслуживанию и сопровождению системы контроля технического состояния наиболее высокотехнологичных ТСТК: «ПРИМ-1РМ», «ПРИЗМА-М» (Au), «МАГНИЙ-1», «МетЭксперт», «Зоркий», «Кедр», «Кедр-М», «SABRE - 4000», «Кербер», «StreetLab».
В рамках выполнения аналитической программы ФТС России «Переоснащение объектов таможенной инфраструктуры системами бесперебойного гарантированного электроснабжения (СБГЭ) на 2010 - 2012 годы» (приказ ФТС России от 19 февраля 2010 г. № 346) разработана и утверждена проектная документация на оснащение СБГЭ 226 объектов таможенной инфраструктуры, проведено оснащение указанными системами 110 объектов.
В 2012 году ФТС России осуществляла дооснащение таможенных органов аппаратурой радиационного контроля и проводила работы по её интеграции с ЕАИС ТО. В настоящее время таможенные органы полностью оснащены стационарной аппаратурой радиационного контроля. Начаты работы по модернизации стационарных систем радиационного контроля «Янтарь» с истекшим сроком службы с целью продления срока их эксплуатации [9 с.194], [10 с. 237].
В 2012 году таможенными органами выявлено более 420 попыток незаконного перемещения через государственную границу Российской Федерации радиационно опасных объектов. На основании заключений Роспотребнадзора осуществлен запрет ввоза из Японии более 340 товаров и транспортных средств, загрязненных радионуклидами в результате аварии на АЭС «Фукусима-1».