Покровы. Длина тела рыб различна — от нескольких сантиметров до нескольких метров. В отличие от хрящевых и древних костных рыб среди костистых множество мелких видов, освоивших малые биотопы, недоступные для более крупных видов. Кожа подавляющего большинства костистых рыб покрыта небольшими костными, сравнительно тонкими чешуями, черепицеобразно налегающими друг на друга. Они хорошо защищают рыб от механических повреждений и обеспечивают достаточную гибкость тела. Различают циклоидную чешую с закругленным верхним краем и ктеноидную с мелкими зубчиками на верхнем крае. Количество чешуи в продольных и поперечных рядах для каждого вида более или менее постоянно и учитывается при определении видовой принадлежности рыб. В холодное время рост рыб и чешуи замедляется или прекращается, поэтому на чешуе образуются годовые кольца, подсчитывая которые можно определить возраст рыбы. У ряда видов кожа голая, лишенная чешуи. В коже множество желез, выделяемая ими слизь уменьшает, как и у других рыбообразных, трение при плавании, защищает от бактерий и т. д. В нижних слоях эпидермиса имеются различные пигментные клетки, благодаря которым рыбы малозаметны на фоне окружающей их среды. У некоторых видов окраска тела может меняться в соответствии с изменениями окраски субстрата. Подобные изменения осуществляются под влиянием нервных импульсов.
Осевой скелет (позвоночник) костистых рыб составлен многочисленными амфицельными (вогнутыми спереди и сзади) костными позвонками, отличающимися по своему строению в туловищном и хвостовом отделах. Пространство между вогнутыми поверхностями соседних позвонков, и узкий канал в центре позвонков, заполнены остатками хорды. В хвостовом отделе нижние дуги позвонков образуют гемальный канал, в котором проходят хвостовые артерия и вена. Череп состоит из двух отделов: осевого и висцерального, почти целиком образован костной тканью и состоит из многочисленных отдельных костей. Тело покрыто шипами и костными пластинками. У некоторых видов тело голое, без чешуи (например некоторыеошибни). Размеры варьируются от 1 см до 5 м.
