Нервная система. Головной мозг имеет четыре типичных для позвоночных отдела; передний, промежуточный, средний, продолговатый. Мозжечок почти не развит. Размеры мозга относительно малы. Все отделы расположены в одной плоскости, т.е. не образуют типичных для более высокоорганизованных позвоночных изгибов. Крыша мозга не имеет нервного вещества и целиком эпителиальная. Головных нервов 10 пар. Спинномозговые нервы отходят двумя корешками - спинным и брюшным, которые, в отличие от других позвоночных, не соединяются и не образуют общего смешанного нерва.
Органы чувств устроены очень просто. Орган слуха миноги представлен внутренним ухом - перепончатым лабиринтом с двумя (у миног) или одним (у миксин) полукружными каналами. Глаза развиты слабо. У миног недоразвита роговица, у миксин глаза дегенерируют в связи с паразитическим образом жизни. Орган обоняния непарный. В коже с обеих сторон тела проходит боковая линия . Она представлена неглубокими ямками, на дне которых расположены окончания блуждающего нерва (X пара головных нервов).
Органы выделения представлены мезонефртескими почками, к переднему концу которых примыкают остатки пронефроса (некоторые считают, что у рода миксин Bdellostoma сохраняется функционирующий пронефрос). Мочеточниками служат вольфовы каналы, впадающие в мочеполовой синус. Половые железы непарные и не имеют специальных протоков. Половые продукты через разрывы стенок гонады выпадают в полость тела, откуда попадают в мочеполовой синус и через канал мочеполового сосочка наружу.
