Работа по созданию Красной книги России была возложена на вновь созданное Министерство природных ресурсов и экологии РФ. В 1992 году при министерстве была создана Комиссия по редким и исчезающим видам животных и растений, к работе которой привлекли ведущих специалистов в области охраны редких видов из различных учреждений Москвы и других городов.
Несмотря на то, что в 1992—1995 годах название, структура и кадровый состав министерства многократно менялись, Комиссия по редким видам провела значительную работу. Были разработаны стандартные правила составления очерков (листов) по видам (подвидам, популяциям), регламентированы иллюстративные материалы, а также пересмотрены и дополнены списки видов, рекомендуемых для занесения в Красную книгу России. Всего по первому варианту было рекомендовано 407 видов (подвидов, популяций) животных, из них — 155 видов беспозвоночных (включая насекомых), 43 вида круглоротых и рыб, 8 видов амфибий, 20 видов рептилий, 118 видов птиц и 63 вида млекопитающих. 9 таксонов были отнесены к категории исчезнувших и 42 таксона предложены для исключения по сравнению со списком Красной книги РСФСР. Кроме того, был создан перечень таксонов, нуждающихся в особом контроле в природе. Собраны и отредактированы очерки (листы) по отдельным таксонам. В целом подготовка рукописи уже к 1995 году была практически завершена.
22 марта 1995 г. Государственная Дума Федерального Собрания Российской Федерации приняла Федеральный закон «О животном мире», где снова регламентировалась важность создания Красной книги России. Как реализация этого положения последовало постановление Правительства РФ от 19 февраля 1996 г. № 158. В этом документе, в частности, декларируется, что Красная книга Российской Федерации является официальным документом, содержащим свод сведений о редких и исчезающих видах животных и растений, а также необходимых мерах по их охране и восстановлению. Иными словами, он представляет собой государственный кадастртаких видов и научную базу для создания стратегий их сохранения и восстановления на территории Российской Федерации.
В окончательный вариант Перечня занесено 415 видов и подвидов, в том числе 155 таксонов беспозвоночных и 260 — позвоночных животных. Общий список по сравнению с Красной книгой РСФСР увеличен на 73 %, причём главным образом за счёт видов и подвидов беспозвоночных животных (объём группы увеличен в 3 раза), а также рыб и рыбообразных (в 4 раза). В Перечень занесены новые макротаксоны (типы, классы): Кольчатые черви (13 видов), Мшанки (1 вид), Плеченогие (1 вид),Круглоротые (4 вида). Резко расширено число видов, представленных в Перечне только отдельными популяциями. Увеличение числа видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, не отражает суть качественных изменений. В результате тщательной проработки новейших данных из Перечня видов были исключены 38 таксонов. В том числе по причинам отсутствия угрозы исчезновения, пересмотра природоохранного статуса или роли территории России в сохранении генофонда.
Со второй половины 1980-х годов в СССР началось составление региональных книг о редких видах животных и растений в масштабах республик, краёв, областей,автономных округов. Это было вызвано необходимостью немедленной охраны ряда видов и форм животных и растений, возможно, не редких в стране, но редких в отдельных регионах, а также быстро растущей в эти годы самостоятельностью местных властей и желанием самостоятельно решать свои природоохранные проблемы. Таким региональным книгам о редких животных было целесообразно придать статус региональных Красных книг. Это укрепило их правовой статус и усилило практическое воздействие на общество. Особое значение это имело для национальных автономий.
Красная книга Смоленской области, Круглов Н.Д., 1997.
Красная книга Смоленской области — официальный справочник о состоянии редких и находящихся под угрозой исчезновения видов дикой фауны и флоры области. В ней приведены сведения о состоянии ареалов, численности, биологии, а также о принятых и необходимых мерах охраны по 131 виду и подвиду животных (1 виду пиявок, 1 виду двустворчатых моллюсков, 7 видам и подвидам брюхоногих моллюсков, 2 видам ракообразных, 60 видам насекомых, 9 видам и подвидам рыб, 1 виду земноводных, 1 виду рептилий, 33 видам птиц, 16 видам млекопитающих) и 90 видам грибов, лишайников и растений (1 виду грибов, 2 видам лишайников. 4 видам плауновых, 7 видам папоротниковидных, 46 видам двудольных и 30 видам однодольных).
