С именем митрополита Ионы связано важное событие в истории Русской Православной церкви. В 1439 г. во Флоренции прошел VIII Вселенский собор, принявший решение об унии православной и католической церквей. Флорентийская уния предполагала признание латинского вероучения и главенства папы и была, по сути, им продиктована. На соборе присутствовал и митрополит всея Руси грек Исидор, горячий сторонник объединения церквей .
Однако в Москве не приняли унии. В условиях формирования национального самосознания она ассоциировалась с утратой самобытности и истинной веры, как отступничество от благодати. Исидор был арестован и позднее сбежал в Литву.
С низложением Исидора место митрополита оказалось вакантным. На традиционное назначение нового митрополита из Константинополя не приходилось рассчитывать – греки сами «отступились от веры», приняв Флорентийскую унию. Новый митрополит был выбран в 1448 году собором высших русских иерархов без формального согласия Константинопольского патриарха. Им и стал Иона. Со временем были восстановлены прежние отношения между Константинопольской патриархией и русской церковью. Однако это уже была скорее формальная зависимость: по сути. Русская церковь стала самостоятельной. Это событие неразрывно связано с именем митрополита Ионы, который возвысил духовный авторитет Москвы. Позднее он был канонизирован, став третьим, наряду с Петром и Алексием, святителем-митрополитом, особенно почитаемым московскими правителями.