Государственный специальный (надведомственный) экологический контроль проводится преимущественно органами надведомственной компетенции. Данный вид контроля характеризуется, во-первых, тем, что эти органы в пределах своей компетенции контролируют деятельность органов исполнительной власти, предприятий, а также граждан по вопросам природопользования и охраны окружающей среды. Во-вторых, между субъектами и объектами этого контроля отсутствует организационная подчиненность
Круг органов, уполномоченных на проведение государственного надведомственного экологического контроля, широк. В систему таких органов входят специально уполномоченные государственные органы в области охраны окружающей среды, использования и храны отдельных природных ресурсов:
-Государственный комитет РФ по охране окружающей среды;
-Министерство природных ресурсов РФ;
-Государственный комитет РФ по земельным ресурсам и землеустройству;
-Федеральная служба лесного хозяйства России.
Специально уполномоченные органы проводят государственный экологический контроль в форме предупредительного и текущего. При этом предупредительный контроль осуществляется применительно к различным видам экологически значимой деятельности и различными способами. Основными из них являются согласования с природоохранительными органами, дача ими заключений на проекты решений.
К специфическим способам осуществления предупредительного экологического контроля относится проведение государственной экспертизы предпроектной и проектной документации на строительство и реконструкцию хозяйственных и других объектов, влияющих на состояние водных объектов, что представляет собой проверку ее соответствия исходным данным. Текущий государственный экологический контроль осуществляется специально уполномоченными органами на стадии эксплуатации предприятий и иных экологически значимых объектов, в процессе природопользования
