Особенности организации местного самоуправления в городах федерального значения обусловлены их двойным статусом. С одной стороны, это субъекты Федерации, обладающие всем комплексом конституционных прав, характерным для государственно-правовых образований такого типа. С другой стороны, это города, которым присущи все проблемы, свойственные данной категории муниципальных образований.
Устав Москвы от 28 июня 1995 г. соответствующую проблему решил путем признания представительного и исполнительного органов власти города органами местного самоуправления и органами государственной власти одновременно. Аналогичным образом двойной статус был распространен на собственность и бюджет Москвы. Между тем такое решение противоречило конституционному требованию о том, что органы местного самоуправления не входят в систему государственной власти. Это обстоятельство послужило поводом для признания в судебном порядке соответствующих норм Устава Москвы противоречащими федеральному законодательству. Судебные органы констатировали также необходимость придания районным управам статуса органов местного самоуправления.
13 июля 2001 г. в Устав Москвы были внесены изменения и дополнения, согласно которым общегородские органы получили единственный статус — статус органов государственной власти. Местное самоуправление осуществляется на территориях внутригородских муниципальных образований путем проведения местных референдумов, выборов, собраний и конференций, через органы местного самоуправления, создаваемые по мере формирования социально-экономических, финансовых и организационных предпосылок. Согласно ст. 7 Устава органы местного самоуправления не входят в систему органов государственной власти города Москвы. В пределах своих полномочий государственные и муниципальные органы самостоятельно принимают решения и несут за них ответственность. Указывается, что осуществление местного самоуправления не должно нарушать единство городского хозяйства и целостность развития города.
Перечень вопросов местного значения, источники доходов местных бюджетов внутригородских муниципальных образований городов федерального значения определяются законами этих городов исходя из необходимости сохранения единства городского хозяйства. Состав муниципального имущества внутригородских муниципальных образований городов федерального значения определяется законами субъектов Федерации — Москвы и Санкт-Петербурга. Данный вариант управления стал основным и был закреплен в федеральном законодательстве.
