1)Река Селенга является крупнейшим притоком оз. Байкал. Небольшая часть загрязнения воды оз. Байкал приходится на Читинскую область. Загрязнение поступает от металлургических и деревообрабатывающих предприятий. Загрязняющие вещества поступают в оз. Байкал по р.р. Чикой и Хилок, являющимися главными притоками Селенги. Эти предприятия ежегодно сбрасывают суммарно более 20 млн. м3 сточных вод, в том числе десятки тысяч тонн взвешенных веществ и органики. Так же, используемые в сельскохозяйственной деятельности химические вещества смываются дождями в р. Селенга и затем попадают в оз. Байкал.
2)Загрязнение воздушного бассейна над акваторией озера Байкал,выбросами предприятий теплоэнергетики, угольной, горнодобывающей, алюминиевой, химической, машиностроительной, металлообрабатывающей, легкой и пищевой промышленности, в основном происходит из населенных пунктов, расположенных непосредственно вокруг озера, особенно вдоль южной его части.
3) Загрязнение Байкала хозяйственно-бытовыми стоками населенных пунктов прибрежной зоны. Сброс загрязненных вод с судов. Особой проблемой являются сбросы балластных вод с судов и загрязнение вод озера нефтепродуктами.
4) Вырубка лесов в водосборном бассейне
5) Промысловое и любительское изъятие биоресурсов (охота, ловля рыбы)
6) Проекты строительства трубопроводов через водосборный бассейн Байкала. Это стимулирует интерес российских нефтяных компаний к строительству нефтяного трубопровода из Западной Сибири, где находятся основные нефтяные месторождения, к Тихому океану.
