Промышленность. Основное воздействие оказывают производства с большими объемами сточных вод, дымовых и пылевых выбросов, а также свалки. В Ленинградской области это топливно-энергетические, лесные, нефтехимические, металлургические и машиностроительные предприятия, а также целлюлозно-бумажные комбинаты (ЦБК); в Карелии – лесная, деревообрабатывающая промышленность, разработка нерудных ископаемых и ЦБК; в Новгородской области – химическая промышленность и производство минеральных удобрений; в Финляндии – ЦБК.
Сельское хозяйство. Масштабные мелиоративные работы изменяют характер водосбора, а удобрения и ядохимикаты с поверхностным стоком попадают в озеро. Крупные животноводческие комплексы загрязняют среду неочищенными сбросами.
Деятельность в береговой зоне повышает экологические риски. Они максимальны вблизи крупных ЦБК, сточные воды которых поступают в ограниченные по размерам устья рек, заливы, губы. В местах сброса возникают «мертвые» и полисапробные зоны, в которых один – два вида, выносливых к загрязнению, вытесняют остальные.
Хозяйственная деятельность в озере. Здесь проходят трассы в сторону Каспийского и Белого морей, развито местное судоходство. Существенное воздействие оказывает рыбный промысел. Многочисленный маломерный флот загрязняет воды нефтепродуктами и отбросами, особенно, в местах стоянок, а браконьерство наносит ущерб рыбным запасам.
Трансграничный атмосферный перенос токсичных веществ. В выпадениях доминируют оксиды серы, углерода и азота, но круг загрязнителей шире и включает фтористые соединения, аммиак, сероводород, формальдегид, хлор, марганец, хром, ртуть и др. Для многих веществ поступление в 2–5 раз выше выноса с водным стоком.
Снижение качества вод. В 70 – 80-е годы рост производства и городского населения сопровождался ухудшением качества воды (особенно в устьях рек) из-за отставания природоохранных мероприятий (очистка сточных вод, утилизация отходов и т.д.).
Изменение биоты. В озере возрастает численность видов, устойчивых к загрязнению, и уменьшается численность видов, относящихся к ледниково-морскому реликтовому комплексу. На грани вымирания атлантический осетр, сократились запасы лосося и форели.
