Административно-территориальное устройство Московского государства сложилось в середине XVI в. Страна делилась на уезды, которые, в свою очередь, состояли из волостей и станов. С начала XVII в. уездами управляли назначенные царем чиновники — воеводы. Воеводами обычно становились служилые люди по отечеству, при этом крупные города и уезды возглавляли люди, имевшие думные чины (бояре, окольничие, думные дворяне). В распоряжении воеводы находился специальный чиновничий аппарат: дьяки и подьячие. Резиденция воеводы называлась съезжей избой. В его непосредственные обязанности входило административное управление, осуществление судопроизводства и командование местными войсками. Воеводами руководили соответствующие приказы, с которыми они состояли в постоянной деловой переписке. Срок полномочий воеводы не был законодательно определен, однако чаще всего он составлял 2 — 3 года. Частая смена воевод должна была, по мнению правительства, предотвратить коррупцию. Но на практике взяточничество и казнокрадство процветали. Государь обычно жаловал воевод за службу поместьями, вотчинами и деньгами.
На низшем уровне существовало и самоуправление. В уездах свободное население избирало из местных дворян губных старост. В волостях и станах земские старосты были выборными из черносошных крестьян и посадских людей. Именно губные и земские старосты, помимо исполнения других обязанностей, организовывали сбор податей.
В состав Московского государства входили и регионы, имевшие полное самоуправление — казачьи области, и с 1654 г. — Украина.