Автономне існування Запорозької Січі в соціально-економічному плані ставало небажаним явищем для Росії. Незважаючи на пряме втручання царського уряду в життя козаків, Січ залишалася гальванізатором ї вогнищем національно-визвольної боротьби українського народу.
Російський уряд відкинув проект реорганізації Запорозького війська, складений старшинською верхівкою, очолюваною А. Головатим. "Не можно вам оставаться, — заявив їм у відповідь один з придворних Катерини II — граф Г. Потьомкін. — Вы крепко расшалились, и ни в каком виде не можете уже приносить пользы".
23 квітня 1775 р. придворна рада прийняла рішення про знищення Січі. Для проведення операції уряд послав на Запорожжя війська у складі 10 піхотних і близько 40 кавалерійських полків на чолі з генералом П. Текелі. 5 травня оточений гарнізон Січі склав зброю. Скарбницю, клейноди, архів було вивезено до Петербурга (в Росії вони перебувають й нині). Частина фортифікаційних споруд та інші будівлі зруйновано, а в Січі та паланкових фортецях розмістили російські гарнізони.
Кошового отамана та частину козацької старшини, яку напередодні Катерина II відзначила за активну участь у російсько-турецькій війні 1768-1774 pp., було заслано на Соловки та до Сибіру. Останній отаман Запорозької Січі — П. Калнишевський — до 1801 р. перебував у соловецьких казематах, а після звільнення залишився доживати віку там же, в монастирі. Помер 1803 р. на 112 році життя.
Маніфест про знищення останньої твердині українського козацтва з'явився 3 серпня 1775 р. У ньому оголошувалося, що "сечь Запорожская вконец уже разрушена со истреблением на будущее время и самого названия Запорожских казаков". Уряд звинуватив запорожців у тому, що вони самовільно освоювали землі Новоросійської губернії та Північного Причорномор'я, а також давали притулок різним збіглим людям.
Після зазначених подій українське козацтво розпалося на три основних гілки. Близько 5 тис. запорожців заснували у гирлі Дунаю з дозволу Туреччини Задунайську Січ (1775-1828), а ті, що залишилися на колишніх січових землях, увійшли до Чорноморського козацького війська (1788-1792), але згодом переселилися на Кубань. На північних землях України жили нащадки міського козацтва. Значна частина козаків і посполитих, що залишилися в паланках, була віднесена до розряду державних військових поселенців. Козацька біднота та селяни-втікачі потрапили в залежність до нових землевласників. Частина запорозької старшинської верхівки одержала додаткові землі й з часом перетворилася на великих феодалів, що вірно служили царату.
Заселення і реорганізацію адміністративно-територіального устрою південноукраїнських земель російський уряд розпочав ще на початку 50-х років ХVIII ст. Зокрема сербам, болгарам, грекам дозволив заснувати там 1752 р. поселення Нова Сербія. Переважну більшість населення Слов'яносербії становили українці й росіяни. Із поселенців було утворено два полки, які стали одночасно адміністративно-територіальними одиницями. На землях між Дніпром і Південним Бугом українськими переселенцями було засновано Новослобідський козацький полк. Його центром стала фортеця св. Єлизавети (нині Кіровоград). 1764 р. територія поселень увійшла до складу Новоросійської губернії з центром у Кременчуці. У межах губернії опинилася й частица запорозьких земель. Новоросійська губернія поділялася на військово-поселенські полки, округи державних поселень, інші адміністративні структури.
1775 р. замість однієї губернії було створено дві — Новоросійську й Азовську. Після приєднання Кримського ханства до Росії (1783) вони втратили своє стратегічне значення, і на цю територію уряд поширив загальнодержавне, цивільне адміністративне управління. Того ж року замість двох губерній було утворено Катеринославське намісництво, адміністративним центром якого став Катеринослав (нині Дніпропетровськ).
Населення краю, включаючи Крим, наприкінці ХVIII ст. становило понад 1 млн чоловік і було різноманітним як за соціальним, так і національним складом. Завдяки принципам вільної колонізації, які захищала Запорозька Січ і які сприяли розвиткові на цих землях нових буржуазних відносин, навіть поширення тут кріпосництва вже не змогло зупинити швидкого розвитку сільськогосподарського й промислового виробництва. Загинувши, Запорозька Січ справила благотворний вплив на господарський розвиток півдня України.
Запорозька Січ — унікальне явище в історії українського народу. Республіканська форма правління, участь широких кіл козацтва у вирішенні військових, господарських та суспільно-політичних питань перетворили її на тривке адміністративно-територіальне й політичне утворення. А створена на Запорожжі система судочинства справила істотний вплив на формування судових органів у гетьманській державі.
Суспільно-політичний устрій Запорозької Січі мав народно-республіканський характер, що сприяло єднанню навколо неї соціально ущемлених верств не лише українського народу, а й інших національностей. Це перетворювало козацтво на провідну силу визвольної боротьби й надавало подіям суспільного та політичного життя України великого міжнародного резонансу. Активна участь Запорозької Січі в міжнародних відносинах, u значний авторитет сприяли тому, що в європейських країнах українців називали козацькою нацією.
Січ підтримувала економічні зв'язки з усіма українськими землями та Росією. Вона відігравала важливу роль у торгівлі з Туреччиною, Польщею, Болгарією, Грецією, Сербією, Грузією, Вірменією та іншими країнами. Для іноземних купців вона була ще й транзитною територією. У ХVIII ст. Запорозька Січ посідала належне їй місце на внутрішньому національному ринку, що формувався і зміцнювався, втягуючи в економічні відносини всі українські землі, пошматовані загарбниками. Козаки започаткували чумацтво — торгово-візницький промисел, який відігравав важливу роль в народному господарстві України аж до другої половини XIX ст.
Січ очолила боротьбу українського народу за соціальне й національне визволення і врятувала його від винищення. Вона не лише продовжила державницькі традиції українського народу, а й стала зародком нової гетьманської держави.
