Переход к сословно-представительной монархии привел к существенному изменению местного управления. Были созданы земские органы самоуправления, вводившим в стране выборных старост, целовальников, сотских и пятидесятских. Принятие Мало Пинежской земской уставной грамоты, в которой предусматривалась замена суда кормленщиков судом выборных старост. Местное население как бы выкупало у государства право избавляться от кормленщиков и решать свои местные вопросы самостоятельно. К ведению земских органов относились сбор податей и суд по гражданским и мелким уголовным делам. Более крупные дела рассматривались губными органами. Система кормления заменилась новой, основанной на принципе самоуправления. В середине XVI в. вместо наместников кормленщиков вводились губные органы, которые выбирались из среды определенных слоев населения. В начале XVII в. в дополнение к губным и земским органам были учреждены воеводы, назначаемые Разрядным приказом и утверждаемые царем и Боярской думой. В отличие от кормленщиков воеводы получали государево жалованье и не могли обирать местное население. Одна из основных задач воевод состояла в обеспечении финансового контроля. Воеводы осуществляли учет количества земли и доходности земельных участков.
