В организационном плане современная система управления таможенной службы России имеет иерархическую структуру. В рамках такой структуры управление реализуются на уровне ЦА ФТС России, региональных управлений, таможен и таможенных постов. Такая структура обеспечивает централизованный распределенный характер управления.
На каждом уровне управления решается комплекс задач системного характера. При этом осуществляется мониторинг внешней торговли относительно контролируемого сегмента сферы ВЭД, принимаются и реализуются решения, обеспечивающие результативное (эффективное) достижение целей таможенной деятельности. Назовем такие решения системными.